武宗驾崩后，朝廷内阁首辅杨廷和依照太祖皇帝制定的《皇明祖训》中“兄终弟及”一款的圣训，将武宗祖父明宪宗成化帝第四子、兴献王朱佑杬（即武宗最长的叔父、明孝宗异母弟中最长者）长子，时为兴世子的朱厚熜以“伦序当立”为原则，迎其入京、继承堂兄武宗皇帝所遗下的大统，承袭大明社稷；朱厚熜即大明第十一代皇帝——明世宗嘉靖帝。
原本以杨廷和为首的文官集团是想让嘉靖帝以孝宗皇帝的嗣子、武宗皇帝的弟弟身份入继大宗、继位为帝；但在以武宗的名义颁布遗诏、宣布以兴世子入京承袭大统时，杨廷和等文臣们一时间疏忽，没有在遗诏上明明白白地写下“以兴世子入继孝宗皇帝为嗣子、为大行皇帝之弟、‘兄终弟及’承袭皇位”这一款，这才让嘉靖帝将来紧紧抓住这一点，和文臣们进行了十多年的往来拉锯战，并最终彻底击败文官集团，获得了礼法上的最终胜利。
杨廷和在选取兴世子为武宗继承者、准备入继大统时，就考虑到了兴藩一脉人丁稀薄、势力孱弱，兴世子又年少文弱，比较容易控制，相对宪宗位下其他宗藩来说，确实是最合适的新帝人选。但让文官们万万没有想到的是，兴世子虽年少，却极为老成，城府深、心思缜密，性格坚韧，对于以何种身份入继大统之事、及对孝宗夫妇如何称呼，早就有了不可更改的主见。从入京开始，兴世子（后来的嘉靖帝）就因礼仪宗法纲常等事，和辅臣、文官们爆发了激烈冲突，并持续了十多年，史称“大礼议”（实际上就是君权与臣子治权间，以礼法制度的名义所展开的交锋）。
正德十六年（1521年）四月，兴世子经迎接使团恭请，抵达了京师。当时文臣们想要兴世子以皇太子的礼仪，从东安门入宫，居文华殿，然后择日登基，并改称孝宗为“皇考”、称生父兴献王为“皇叔父”。兴世子大怒，斥责文臣们说“我以遗诏嗣皇帝位，不是来给别人当儿子的！”
这样，兴世子还没有正式继位，就和文臣们因为宗法礼仪之事闹得不可开交，彼此都不愿意让步，一时间，事情僵持了下来，大明的新皇帝居然无法顺利登基。
最后，是武宗生母、孝宗的皇后张氏下懿旨给内阁和文臣们，让他们以国事为重，以臣子的身份给兴世子上劝进笺表，先把君臣名份定下来再说。诸臣接受了皇太后的懿旨，在京师郊外给兴世子上笺劝进，兴世子因此受笺，从大明门直入皇宫，随即在奉天殿正式继位。而原本内阁给新帝拟定的年号是“绍治”，皇帝罢去未用，亲自拟定年号为“嘉靖”，这就是明世宗嘉靖帝称呼的由来。
从嘉靖帝即位开始，文臣们和皇帝之间，就对于以哪一位为皇帝宗法制度上的父亲（即尊为皇考）之事而展开了激烈的交锋。文臣们从大明祖制及儒家伦理出发，坚持要嘉靖帝以孝宗弘治帝（嘉靖帝三伯、武宗正德帝生父）为皇考，以武宗生母、孝宗皇后张氏为母后；嘉靖帝的生父、兴献王朱佑杬将改称为“皇叔考兴献大王”、嘉靖帝尚在世的生母、兴王妃蒋氏改称“皇叔母兴国大妃”。这样一来，大明皇统将在宗法上保持在孝宗、武宗这大宗一系，而不至于大统承袭出现转移（宗法礼仪上的）。
正德十六年(1521年）十月，嘉靖帝不顾群臣的反对，下旨追尊生父兴献王朱佑杬为“兴献帝”，尚健在的亲祖母、宪宗贵妃邵氏为“皇太后”（不是太皇太后，表示位份不敢压过武宗生母张太后的意思），生母兴王妃蒋氏为“兴献后”。不过，嘉靖帝毕竟刚刚继位，羽翼未丰，也不能立即就和文臣们撕破脸、和皇太后张氏闹翻，出于平衡目的，嘉靖帝在嘉靖元年（1522年）正月，发布谕旨，还是称孝宗为“皇考”，张太后为“圣母”，而“兴献帝”、“兴献后”则改称“皇帝本生父母”。
这样暂时的平衡局面，一直持续到了嘉靖三年（1522年），在历时三年半的对抗中，年轻的嘉靖帝勉强退了一小步，名义上奉伯父孝宗皇帝为“皇考”、给名义上的母后——张太后上尊号为“圣母昭圣慈寿皇太后”。而但嘉靖帝的生父兴献王还是在此期间被上尊号为“本生皇考恭穆献皇帝”，得到了“皇帝”的头衔，嘉靖帝生母、原本只是“兴献后”的蒋氏则为进一步加尊为“皇帝本生母章圣皇太后”，在宗法上和正牌皇太后张氏平起平坐。另外，嘉靖帝的亲祖母（兴献王朱佑杬生母、明宪宗邵贵妃）也从“皇太后”升级为“寿安太皇太后”（名份上高过了慈寿皇太后张氏）。
虽然从宗法上来看，嘉靖帝在没有完全掌握皇权之前，暂时还是以孝宗夫妇为宗法上的父母，生母则加了“本生”二字，但嘉靖帝内心实际只承认兴献王夫妇是自己的血缘父母，孝宗夫妇这个“皇考”、“母后慈寿皇太后”的称谓，嘉靖帝从来都觉得别扭，内心相当抵制。而对于兴献王夫妇被尊称为“恭穆献皇帝”、“章圣皇太后”之事，文臣们同样是极度反感，认为这有违儒家礼仪、宗法制度，完全不可以接受。所以，嘉靖帝和文臣们都对勉强达成的现状很不满意，一直想要彻底推翻对方的主张，获得礼仪制度上的最后胜利。
嘉靖三年（1524年）正月，因为在和嘉靖帝进行了三年之久的“礼议之争”中心力交瘁、又加上对自己当初在以武宗名义发布的遗诏中遗落“兴世子入继孝宗、以皇子之名继位”程序、造成今日皇室礼仪制度上产生激烈争论的内疚和惭愧，内阁首辅杨廷和心灰意冷之下，向嘉靖帝提出致仕，从此再也不搅进这摊浑水中去了。
嘉靖帝没有过多挽留，很是痛快地批准了杨廷和的致仕要求，并赐给杨廷和“表彰功勋”的诏书，让朝廷提供车马、物资、护卫卫，送杨廷和返回位于四川成都的故乡，并再次确认将荫封杨廷和一子为锦衣卫指挥使的旨意。
文官之首杨廷和的无奈致仕，标志着嘉靖帝在“大礼议”之争中取得了决定性的优势，从此，再也没有人可以让嘉靖帝有所忌惮、阻止他在宗法上尊崇自己的亲生父母、从而在“礼制”上取得最后的胜利了。