有马在与金木的对战中自杀后，却被“夜鸦”回收，他们相信或许只有有马才能实现他们的理想，于是对他进行了喰种改造的实验。
但是执行实验时，因为组织内出现叛徒，因为一己私欲企图取代和修，成为新世界的主宰，于是对喰种化的有马设计了听命于自己命令的特殊指令。
......
安定区驱逐战：
搜查官不敌三枭，特等级别以下的搜查官却突然收到消息回防库克利亚（小丑组织在旧多二福的协助下趁机侵入）
旧多跟朝凤凛达成协议，旧多说ss级别以上的喰种可能被关在库克利亚深层提供新型库因克的原料（参考“新”），而作为交换，朝凤凛将会把神代利世送回神代家。
神父提供线索，雾岛洵都找到雾岛新，但神父并没有离开监狱，“我也在等我的儿子呢。（现在还不是时候）”
小丑组织盗走一份生物样本（某个已经衰竭赫包），“它来自于初代独眼之王”
v赶赴战场，牵制住了高槻泉，有马对抗朝凤凛。
高槻泉将重伤失去意识的店长藏匿于下水道（参考店长曾经把没有战斗能力的孩子藏在那里）。
旧多前往神代家的途中，和修家众追踪，取走利世赫包。
叉荣将濒死的利世托付给旧多，只身对抗和修家。
旧多遭遇小丑组织，萝玛要求旧多交出利世，“这样她可能还有活下去的机会。”
以大部分v成员的生命为代价，独眼的枭被围杀。
但却化作一摊赫子，原来是朝凤凛的赫子分身，高槻泉趁机带走店长逃走。
朝凤凛欲图撤离，但被围攻，混战之中杀死大部分v成员并刺瞎有马右眼（青光眼，看不见），艰难逃离却遭到“夜鸦”的狙击。
林杙带着虎臣前来救援（从多多良口中得知夜鸦的存在，并一直对其进行暗中调查）。
虎臣替朝凤凛挡下一击，尸体被回收，“或许会是一个不错的素材。”
多多良赶到，夜鸦要求其代表独眼之王下令，让青铜树的喰种盘踞在流岛。（同时是为了除掉曾经作为合作伙伴但现在已经不再被需要的高槻泉）
多多良带走了林杙，但朝凤凛被夜鸦带走作为喰种改造的赫包供体。
“我们不会就那么让他死掉的。”
“或许，他会为我们提供一种新的可能。”
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朝凤凛赫子高度异化，实验体大量出现排异死亡症状，唯有极少部分提取了羽赫（来自店长和高槻泉）的片段纯度较高，极少个别改造成功，出现资金困难。
“夜鸦”向星野家和月山家索要资金援助，月山家拒绝，为月山家讨伐战埋下祸根。
星野家提供资金，但不希望再次成为别人的傀儡，通过黑道向与朝凤凛关系较好的中裕家和野比家释放出信息：
朝凤凛的所在
伯雄找到林杙，计划实行营救，未果。
改造成功个体每天受折磨，亚门和虎臣一同勉励泷泽政道，但是他终于还是不堪重负。
亚门质问虎臣叛变原因，
准备一同迎接死亡。
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青铜树表面上的首领一直是高槻泉化身的“独眼之王”（除了几名核心成员，都是这么认为的）
以清扫叛徒的名义，高槻泉率领喰种对“夜鸦”所在的流岛发起了进攻。
关键时刻，萝玛带领小丑来访“夜鸦”，展示了已经植入了“初代独眼之王的赫包”的神代利世。
“你们的那位独眼之王（有马贵将）已经成为真正的独眼了呢！”
“干掉那个和修老头子吧，我们的目标，应该是一致的吧？”
“嗯，或许我们要先干掉那个小姑娘？”
四方潜入，欲图趁机救下朝凤凛，但其身份被呗揭发。
“把这个家伙交给我吧，我早就想跟他打一场了。”
呗与四方对战，混乱之际，雾岛新帮助四方击退呗，四方发出闪电摧毁了实验装置。
朝凤凛冲破容器，击溃夜鸦，有马的零番队前来支援，却再次被击退，有马被抓住破绽，重伤濒死，随即“夜鸦”成员之一的平子丈对ccg总部发出了有马贵将的死亡通告。
“尸体被sss级喰种，魈（朝凤凛）吞噬了。”
击退有马后喰种们信心大增，以流岛作为基地。
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自此，夜鸦放弃了青铜树，以小丑组织提供的利世赫包对有马进行了改造复活，并开始按照有马的指令独立行事。
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重伤的店长等人占据了朝凤凛母亲的领地，以喰种的力量平定了逃难到当地的黑帮，并维护起了那些不被重视的贫民区以及危险区的安定，严格规定所属区域内的喰种不得无故伤人（否则将被驱逐）。
店长成了最强的秧歌star?（笑，其实就是靠着实力和人格魅力征服了人类黑帮）
驻地内因为有喰种因为随意捕食人类即将被驱赶，内心不服，向ccg透露了店长的隐藏地点。
店长遭到v组织追杀，掉入大海，不知所踪。
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虎臣和亚门趁乱逃离却走散，虎臣遇到林杙，亚门被神秘“稻草人”带走。
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高槻泉依旧以作家身份活跃于外界，朝凤凛以易容能力作为随身秘书，两人出席了不少次发布会，期间遇到过佐佐木绯世。
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佐佐木绯世在得知有马死后，变得更加冷酷无情，超高强度的驱逐任务和共喰，极度的冷静和淡漠，让他成为了ccg名副其实的黑色死神。
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和修家主实力强横（书里），但是被喰种化的有马贵将杀害的。
和修家惨遭血洗，有马强势回归，实行独裁，完成对众多强大喰种的驱逐。（被操控）
一时之间，似乎将所有的喰种逼入绝路，旧多解救利世，并完成对自身改造。
“喰种肃清计划”已经展开，整个东京大规模搜捕，有马带领着零番队来到了高槻泉的签售会场。
“杀了她。”
有马冷漠地目光扫过一眼楼顶上那个戴着斗篷的身影，下一秒右手已经不受控制地将鸣神举起。