由於京都本身就不適合防守，無論是天皇和宮卿們居住的京都御所，還是退位天皇居住的仙洞御所，都僅僅是擁有簡單的牆垣罷了。雖然天皇已經被奪取權柄數百年，但是他在日本人心中的地位卻始終神聖而不可侵犯。即使是最爲彪悍的武士，也不敢對天皇太過無禮。因此，近年來每次京都附近遭遇戰火，大家都會努力避開天皇的居所。
不過這一次，三好家似乎決定抵抗到底了。三好義賢以兵兇戰危爲由，派人把天皇和宮卿們從京都御所、仙洞御所等地請了出來，送到西邊兩裏外的晴明神社避難。而自己則率軍進駐了京都御所，讓巖成友通和三好長逸進駐仙洞御所，準備死守京都。
三好義賢擺出這樣堅決的姿態，讓織田信長也有些趕到迷糊了。如果三好家主力和輔兵早就撤退，他們沒必要如此拼命啊？還是說，三好長慶給他們的命令就是竭盡全力拖住織田軍，爲主力回師平定攝津的叛亂爭取時間。
不過，織田信長和三好義賢一樣，同樣是個天不怕地不怕的主。三好義賢既然敢犯天下之大不韙驚動天皇，佔據皇宮駐守，那他就敢直接進攻皇宮！
在收到了織田信長進攻京都御所和仙洞御所的命令後，聯軍上下一片譁然。因爲聯軍並不清楚，三好義賢已經將天皇和宮卿送出京都之外，還以爲三好義賢是挾持了天皇和宮卿，在皇宮裏據守。兵兇戰危，萬一在戰亂中傷害了天皇，這重擔誰也擔不起。不僅自己要切腹謝罪，家族也難逃滅頂之災。
而織田家的諸位老臣，包括柴田勝家、丹羽長秀等人也反對織田信長如此誇張的命令，苦勸織田信長三思。明智光秀更是提議織田信長從本陣裏請出和三好家與天皇都有舊的足利義輝進行斡旋，請求三好義賢退出皇宮，實在不行也要讓三好義賢把天皇和宮卿們送出去再開戰。
然而，衆人的猶豫和抗命卻讓今天已經心情十分不爽的織田信長暴跳如雷。上頭了的他直接下令自己的旗本武士和直轄戰兵悍然強攻京都御所。這些織田信長的直轄部隊雖然不能拒絕執行命令，但是在進攻時也都不情不願，連前田利家、佐脅良之這些天不怕地不怕的年輕人打起來也束手束腳。戰鬥持續了兩刻鐘，織田家卻沒有取得任何進展。
無奈之下，織田信長只得妥協，派出明智光秀進入京都御所和三好義賢交涉。然而，兩軍接上頭了後才知道，三好義賢早已把天皇和宮卿們送走。感覺自己被耍了一般的織田信長再次暴怒了，立刻傳令聯軍全軍猛攻。沒有了心理包袱的聯軍使出渾身解數，三好軍漸漸地難以阻擋。仙洞御所在未時六刻淪陷，守軍退往京都御所坐着最後的抵抗。京都地帶道路複雜，地形狹窄，織聯軍沒法很好地展開兵力，給了三好軍堅持下去的機會。
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而與此同時，雨秋平和美濃三人衆經過多時的苦戰，終於擊退了三好義興，奪回了岡崎神社。三好義興退回銀閣寺後，美濃三人衆便不願意再追擊，而是直接追隨着織田信長中路軍走過的路追趕而去。畢竟，打下