所以當父親去世，慕容霸的哥哥慕容儁繼位稱帝后，慕容霸的境況便急轉直下。首當其衝的是他的名字，原來他早年騎馬時曾不小心摔掉了牙齒，爲了取笑他，皇帝哥哥便抓住這一點，強迫他改名爲“”。但因爲此字犯了避諱，所以只好去掉偏旁，改名爲“垂”。改名事件僅僅是釋放了危險的信號，更可怕的事情還在後面。
慕容垂的妻子段氏出身名門，頗有才氣，但一向與皇帝的妻子可足渾氏不和。可足渾氏成爲皇后之後，一直尋機報復，想來想去，給段氏扣了頂搞“巫蠱之事”的帽子。這種莫須有的罪名讓段氏大感冤枉，但皇帝視而不見，反而想要藉此把慕容垂一起收拾掉。段氏寧死不屈，絕不認罪，也不肯拖丈夫下水，最終冤死獄中。慕容垂雖逃過一劫，但還是被貶去了遼東。妻子死後，他本想娶妻子的妹妹當繼室，可是皇后不允，強迫他娶了可足渾家族的女人爲妻，這等於在慕容垂的身邊安插眼線。慕容垂什麼都沒做，就因爲皇帝哥哥和皇后嫂嫂的嫉恨，既失去了權力，又失去了自由。
慕容儁去世後，年幼的太子慕容暐繼位，太原王慕容恪奉旨輔佐，進入了權力的中心。慕容恪對慕容垂頗爲賞識，讓他隨軍出征，爲國效力。慕容垂的軍事才能在戰場上得到了充分的施展，他作戰英勇，富有謀略，所以慕容恪在病重之時，曾強烈向皇帝推薦讓慕容垂主持國家大事。誰知皇帝和他的父親一樣，就是信不過慕容垂，寧可讓自己八歲的弟弟慕容衝擔任要職，也不肯重用慕容垂。而且在慕容恪死後，朝廷實權派慕容評也認爲功高蓋主的慕容垂是心腹大患，一直對其進行打壓。就這樣，人生剛剛有起勢的慕容垂再次陷入了低谷。
公元369年，東晉大司馬桓溫領兵攻打前燕。前燕的軍隊根本無法抵抗，被晉軍打得丟盔棄甲。前線戰事的潰敗讓皇帝和慕容評嚇得屁滾尿流，他們一方面派人去鄰國前秦求援，一方面打算逃到以前的都城去。此時，慕容垂站了出來，他主動請纓想要抗擊晉軍。在國家生死存亡之時，皇帝也顧不了那麼多了，便應允了他的請求。果不其然，穿上盔甲的慕容垂重新找回了活力，他英勇果敢，在枋頭大敗桓溫，斬敵三萬人。此戰不但化解了祖國的危機，更讓慕容垂聲名大振。可是善妒的皇帝和慕容評更討厭慕容垂這個似乎無所不能，戰無不勝的軍事奇才。
所以當慕容垂請求朝廷獎賞自己手下的將士們時，慕容評拒絕上報。這讓打了勝仗的慕容垂非常生氣，他據理力爭，與慕容評大吵起來。可惜他的抗爭沒有任何作用，反而是皇帝、慕容評、太后可足渾氏聯合起來，一同商討除掉他的計劃。幸虧當年對自己有知遇之恩的慕容恪的兒子提前給自己報信，慕容垂纔有所準備。他不忍對慕容家的親人下手，於是便打算逃到遼東避禍。誰知就在這個時候，發生了一件讓慕容垂又悲痛又震驚的事情，他的小兒子慕容麟居然選擇背叛他，向敵人報告了他的行蹤。走投無路的慕容垂只好聽從長子慕容令的建議，背叛了自己的祖國，去投奔前秦的皇帝苻堅。
苻堅對慕容垂的到來表示熱烈歡迎，他做夢也沒有想到自己的對手慕容家居然這麼蠢，不用自己動手，他們便內亂消耗一番，還把慕容垂這樣的軍事奇才送給自己。但苻堅的謀士王猛的目光更長遠，他看出慕容垂有大才，絕非久居人下之輩，更何況他身份特殊，雖然投靠了前秦，但畢竟還是慕容家的人，這樣的人如何能夠信任？所以他幾次三番請求苻堅下令誅殺慕容垂，但苻堅就是不肯。被逼無奈，王猛只好親自動手。
他設下妙計，先是請求苻堅讓慕容垂長子慕容令隨軍出征，又找來慕容垂和自己喝酒。兩人在酒宴上相談甚歡，王猛趁機嚮慕容垂索要信物，慕容垂想都沒想，就把自己隨身攜帶的金刀獻給了王猛。王猛得此金刀，又收買了慕容垂的親信金熙，讓他帶着金刀去見慕容令。金熙嚮慕容令出示金刀，假傳慕容垂的口信，說前秦不可久留，應該速速回到燕國。慕容令信以爲真，馬上重回前燕。
這消息傳到慕容垂耳中時，他嚇得魂不附體，兒子此舉等同叛逃，也讓自己陷入叛亂的困境之中。倉促之間，慕容垂只能選擇逃跑，誰知沒跑多遠便被前秦的軍隊捉住。萬幸的是，苻堅愛才心切，不忍殺他，反而出言安慰。這讓王猛大跌眼鏡，一招天衣無縫的妙計因爲苻堅的不配合落了空。只是可憐那倒黴的慕容令，雖然逃回了前燕，但是沒有人願意信任一個叛逃過的人，最終陰差陽錯之下，慕容令死在了前燕。
不久之後，前燕被前秦消滅，又經過了一番征戰，苻堅基本上統一了北方。此時的苻堅雄心勃勃，他渴望滅亡東晉，一統天下。儘管早就有“欲速則不達”的古語，苻堅身邊的第一謀士王猛死前也曾反覆叮囑他千萬不要攻打東晉，但他已經聽不進去了。公元383年，淝水之戰爆發，這本來是一場實力懸殊的戰役，前秦軍隊在數量上處於絕對的上風，可惜驕兵必敗，苻堅在此戰中幾乎輸掉了全部的家底。就當他灰溜溜地逃亡時，慕容垂和他的部隊出現在了苻堅的面前。
早在戰敗的消息傳來時，就有人嚮慕容垂建議趁機殺掉苻堅，光復燕國的基業。但慕容垂想到了當年走投無路時，正是苻堅收留了自己，念及舊情，他拒絕了這個提議，不但將自己的軍隊都交給了苻堅，還決心親自護送。只是北方大亂，羣雄逐鹿，慕容垂不可能永遠甘心做戰敗者苻堅的臣子。他藉口平定叛亂，離開了苻堅，與前燕的舊臣們取得了聯繫。從此，一場轟轟烈烈的復國大戲正式上演。
慕容垂招兵買馬，號召當年的前燕將領和反對前秦的部隊投靠自己，一同攻打鄴城。當時鎮守鄴城的是前秦長樂公苻丕，苻丕被困多日，漸漸抵擋不住，於是便想了個主意，派人去東晉求援。東晉接到消息，馬上派兵救援，慕容垂臨危不亂，趕快叫人修一座外城來抵抗晉軍，並最終大敗晉軍。苻丕眼看請來的救兵也不是慕容垂的對手，只好宣佈撤兵，將鄴城拱手相讓。公元386年正月，慕容垂自立爲帝，改元建興，史稱後燕。多年的等待，加上命運無情的捉弄，慕容垂還是咬牙堅持了下來，終於完成了光復燕國的大業。