不過，自來也爲了寫書而外出取材，如今並不在村裏，沒人知道他身處何方，就連九尾之亂和波風水門夫婦犧牲的事情都不知曉，等消息傳遞到他那裏，都不知道什麼時候了，所以三代火影猿飛日斬重新出山，在木葉村重建工作的過程中進行主導工作。
在木葉的重建工作進行的過程中，有一道近乎謠言的祕聞在木葉村中流傳——操控九尾襲擊木葉的幕後黑手，的確是宇智波的忍者，但是卻並不是木葉村中的宇智波，而是另外一支宇智波。
事情的起源，還要追溯到木葉建村初期的時代。
當時，大大小小的家族聯合在一起共同建立了木葉忍村，千手一族和宇智波一族出力最多，爲了表示合作的誠意，千手柱間希望宇智波斑能夠成爲第一代火影，但是千手柱間衆望所歸，成爲了初代火影。
千手柱間許諾火影的位置他只坐兩年，兩年之後就交給宇智波斑，全力支持他出現選，但是後來的事情大家都知道了，二代火影依然姓千手，哪怕“木葉”這個名字來源於宇智波斑，但是宇智波斑好像和這個村子毫無關聯一般。
不肯屈於人下的宇智波斑憤而離村，並試圖鼓動宇智波與他一起離開，只是宇智波一族經歷了多年的戰爭，已經期望過上和平的生活，拒絕了宇智波斑。
自覺受到背叛的宇智波斑決定重建他心目中的“宇智波”，在外散播自己的血脈，開枝散葉，將自己的忍術和理念傳承了下來，其中就包括了使用寫輪眼控制九尾的瞳術，然後帶着捕獲的九尾回到了木葉，與千手柱間大戰一場，不敵，戰敗身亡。
但是，宇智波斑的理念卻沒有死，被他那一支宇智波傳承了下來。
這一支宇智波每一代的最強者將會捨棄掉原本的名，繼承先祖的名號改名爲“宇智波斑”，去完成宇智波斑未完成的遺願——排在第一的，就是向着木葉忍村復仇。
木葉村中的宇智波一族，也在對方的復仇清單上，因爲他們背叛了當初的宇智波斑，被視爲叛徒。
並且那支宇智波還並非是孤軍奮戰，他們在木葉忍村中還有着內應，並且還是身居高位的那種，正是因爲內應透露的情報以及提供的幫助，當代的宇智波斑才能在不觸動木葉的結界的前提下潛入木葉忍村做下這等事情。
這些消息中，最令人震撼的卻不是宇智波家族內部的愛恨情仇，而是那個位於木葉忍村內應。
因爲初代的宇智波斑敗於初代火影的木遁，所以村外的宇智波委託內應，讓千手柱間死後也不的安寧，初代火影的屍體被內應挖掘出來，偷偷進行研究，妄圖掌握木遁忍術，最後還真讓他們研究出來了一些成果，這份研究成果被應用在了當代的宇智波斑身上。
對於八卦類的消息，傳播得最快了，初代火影和初代宇智波斑愛恨情仇衍生出的一系列故事，讓木葉村民吃了個大瓜，談論得不亦樂乎。
消息一開始從哪裏傳來的，沒有人知道，但是真正讓它傳播開來的，卻是重建工程的工地上，工人們在工作的疲憊中需要解乏，要麼抽菸，要麼聊天，然後謠言就這麼擴散開了。
而這道消息毫無疑問地傳到了木葉高層那裏。
暫代火影職務的猿飛日斬又坐到了闊別不到兩年的火影辦公室內的辦公椅上，隔着桌子，他看向了木葉的幾位高層，例如火影顧問水戶門炎，轉寢小春，還有根部的頭目志村團藏等人。
“那條關於宇智波的消息，我想諸位已經聽說了。”猿飛日斬吊着自己的菸袋鍋，目光不斷在面前幾人身上打量着：“你們對這條消息，有什麼意見和看法？”
“謠言！鐵定是謠言！是宇智波一族編造出來的謠言，是爲了推卸責任編造出來的謊言！”志村團藏第一個發聲，毫不留情且直入要害地戳穿了這件事的真實面目，爲了增強自己話語的說服力，他還用自己的手杖杵着地面，發出連續的“咚！咚！咚！”的聲音。
“團藏！”誰知道猿飛日斬卻對志村團藏發出了一聲怒吼：“你難道不也是在推脫嗎！你我都清楚，有些事情，宇智波是不知道的，村子裏的人基本都不知道，但是它卻偏偏出現在了這個謠言當中！”
四代火影波風水門真正的死因，並不是用生命爲代價封印了九尾，而是一個絕對不可能出現的忍術——木遁·扦插之術。
波風水門和那個自稱宇智波斑的神祕人大打出手，經過一通戰鬥艱難地取得了上風，但是臨了，那個神祕人卻使出了只屬於初代火影的木遁忍術，木遁·扦插之術。
雖然猿飛日斬帶着暗部忍者緊急馳援，逼走了那個神祕人，但是四代火影波風水門已經重傷，救無可救，醫無可醫，將自己的遺言囑託給猿飛日斬之後，波風水門和漩渦玖辛奈用最後一點的生命力施展了屍鬼封盡和四象封印，將九尾封印到了漩渦鳴人的體內，作爲一個英雄那樣死去。
這件事，僅限於極少部分人知道，也就是猿飛日斬和當時在場的暗部忍者，暗部當中，絕無宇智波的忍者存在——在看到了九尾眼中的寫輪眼的形狀之後，猿飛日斬下令禁止任何的宇智波忍者靠近，防止寫輪眼的瞳力再對九尾產生任何影響。
哪怕之前在迎擊九尾的戰鬥中出生入死，哪怕猿飛日斬這個命令實際上是對宇智波的不信任，但是宇智波一族的忍者還是乖乖聽從了命令。
因此，宇智波一族絕無可能知道關於木遁忍術的事情，但是那份謠言當中卻出現了關於初代火影的細胞，以及木遁忍術的消息，這已經能夠洗脫這道謠言是來自宇智波的嫌疑。
並且，村子裏悄悄進行初代細胞研究的事情，知道的人更少了，主導這個項目的，便是自己的老同學，志村團藏！
雖然關於初代細胞的研究已經停止了，但是猿飛日斬知道自己這個老同學的秉性，私下裏肯定還祕密資助着這項實驗，但是隻要影響的範圍不大，他就睜一隻眼閉一隻眼了。
畢竟掌握木遁忍術對於木葉來說是有戰略意義的，如果真的研究出來了什麼，對村子也是有好處的。