經過暗部忍者的偵查，發現三忍之一的大蛇丸祕密地進行着人體實驗，不僅挖掘出初代火影的屍體進行細胞移植實驗，還拿同村的忍者、火之國的居民作爲實驗素材，甚至還有實力強大的上忍折損在他的手中，實驗室中那慘烈的場景，即便是從屍山血海中殺出來的暗部忍者都看吐了。
而經過此前謠言的發酵，大蛇丸對柱間細胞研究的實驗被捅出來之後，非常容易令人聯想到傳聞中的那個位於木葉的間諜內應。
那所謂的暗部忍者，其實就是根部忍者僞裝的，曾經和大蛇丸有過合作的志村團藏知道不少關於大蛇丸的齷齪，包括大蛇丸的很多實驗室都是根部資助建設的，如今被暗部一個個地開盒，肯定是十拿九穩的。
一樁樁，一件件的證據被擺到了猿飛日斬的面前，靠着賣前隊友的行爲，志村團藏洗刷了自己身上的嫌疑，重新獲得了猿飛日斬的信任。
到了如今，那道傳聞隨着時間的推移，已經越發深入人心，除了少部分的人之外，已經認定那是事實了。
在被抓捕歸案之前，大蛇丸已經提前離開了木葉忍村，正式叛村，成爲了一名叛忍。
三忍級別的叛忍，所以引起的影響是很轟動的，三代火影猿飛日斬親自發布了通緝令，並帶隊前往追捕，爭取在大蛇丸離開火之國之前將他抓捕回村。
只是，在半路上，一個神祕人擋在了三代火影一行人之前，對方使用了木遁·樹界壁，使地面上生出一排樹木，形成一道牆壁，攔住了追擊的一羣人。
一道身影躍上由木遁忍術催生出的樹枝，居高臨下地看着三代火影一行人：“木葉忍者已經發現我的蹤跡，我應該說你們神通廣大呢，還是該說你們可怕，就連九尾都無法奈何得了你們，我剛來到這片森林中沒多久，便被你們大隊人馬找上門來。”
看着面前那個緊身背心，披着披風的神祕人，猿飛日斬從他的話頭中聽出了某些信息，知道對方誤會了自己的目的，卻依然皺起眉頭：“你是！”
“原旨宇智波，和你們那羣被馴服的宇智波不同的宇智波。”神祕人亮出了一顆寫輪眼，看着一羣木葉忍者，看到那隻寫輪眼的暗部忍者渾身僵硬，竟是在目光相接的瞬間，便被幻術所控制。
“原本想要對木葉進行第二次的打擊，但是沒想到在還未靠近木葉的時候，就被你們攔下了。”
“木遁忍術，還有如此強大的寫輪眼瞳術……”看着面前這個造型奇特的宇智波，猿飛日斬嚴陣以待。
遠處，嶽斯的影分身遠程操控着那具由柱間細胞培育而成的傀儡，那是採用機械哥斯拉相同技術所打造而成的活人傀儡，宇智波斑所贈予的寫輪眼就安置在它的眼眶當中，展現出強大的實力，阻擊着三代爲首的一羣人：“大蛇丸老師，這是作爲弟子的我，目前所能爲你做的最後一件事了。”
三代火影帶着傷亡慘重的暗部忍者回村，雖然他成功擊退了那掌握着木遁的宇智波，但是卻因此耽誤了時間，放走了大蛇丸。
從火之國都城趕回來的自來也聽聞大蛇丸叛逃的消息，沉默了許久，最終還是沒有接下五代火影的位置，用“我一定要把大蛇丸帶回來”的理由也離開了村子，拒絕了猿飛日斬的挽留。
“原本我是想帶着你一起離開的，作爲大蛇丸的弟子，你留在村子裏肯定會受到針對的，但是鳴人，還有優奈，都需要你來照顧……”
果不其然，在自來也離開村子之後，針對大蛇丸的行動便展開了，他的實驗室被搬空了，所有的實驗素材和研究結果都不知道落在了誰的手中，他的兩個弟子御手洗紅豆和關山嶽也被問詢。
御手洗紅豆直接由情報班的忍者讀取大腦記憶，但是大蛇丸設下的封印又是怎麼可能那麼被解開的，除了讓御手洗紅豆感覺到痛苦之外，再也沒有用處，再加上猿飛日斬的維護，御手洗紅豆還是被輕輕放下。
至於嶽斯，木葉這邊就做的沒有那麼過份了，畢竟嶽斯在第三次忍界大戰中展現出的實力是有目共睹的，未來的成就不可限量，當然要謹而慎之，嶽斯還能當着情報部忍者的面拍桌子：“污衊，這都是對大蛇丸老師的污衊，大蛇丸老師是偉大的忍者，怎麼會做下那些事情，一定是村子裏認爲他功高震主，在大蛇丸老師成爲火影之後，你們沒辦法從村子中吸血，爲自己牟利，所以才逼走他的！”
在御手洗紅豆的記憶中，大蛇丸從來沒讓嶽斯接觸過他的實驗，嶽斯對大蛇丸的實驗一無所知，所以在嶽斯吹鼻子瞪眼之後，他也獲得了自由。
不過有着“大蛇丸弟子”這一身份在，猿飛日斬爲了安撫村民，也爲了對兩人進行保護，御手洗紅豆和關山嶽便被冷藏起來，被冷處理，在很長一段時間裏禁止離開村子，不能接任務。
就連作爲九尾人柱力的漩渦鳴人都被從嶽斯身邊帶走——雖然嶽斯在得知這件事的時候表現出如釋重負的表情，忙不迭地把關於漩渦鳴人的一切都塞給了前來接人的暗部忍者，讓那暗部忍者都感到了意外。
整件事中，只有被帶走的漩渦鳴人受傷，嚎啕大哭。
嶽斯的家也被轉移到了木葉村中偏遠的角落，不過猿飛日斬爲了對他進行補償，把一戶建換成了兩進院落的房子，面積大了何止一倍，讓嶽斯住起來非常開心——如果沒有暗部忍者的晝夜監視就更好了。
等到事情的影響稍微平息，負責在嶽斯家的四周蹲守監視的暗部忍者數量減少，在某個午夜，嶽斯悄悄地離開了自己的院落，找到了那個被大蛇丸隱藏起來的實驗室，找到了大蛇丸留給他的禮物。
那是一對沉睡中的雙胞胎兄弟，也就是宇智波一族的雙胞胎忍者，宇智波佑成和宇智波時致，撐開他們的眼皮，嶽斯看到了屬於他們的三勾玉寫輪眼。
很顯然，大蛇丸的實驗很成功，宇智波兄弟的眼睛從最開始的單勾玉一直進化到了如今的三勾玉，並且在嶽斯的感知中，宇智波兄弟的瞳力已經增強到了很高的程度，距離進化成萬花筒寫輪眼，就差那個臨門一腳，但是就是這臨門一腳，卻是大蛇丸始終找不到的門戶。