根據呂布在前線的推進進度，他不斷地更換三輔地區的各級官員。短短一月之間，三輔的官員更迭多達二百餘人，而其所用所出，多是出自於原司徒府。王允日以繼夜地安排這些政務，也終於可以說，他對三輔地區的掌握，恐怕是董卓也不能比擬的。
等到月末，司徒終於收到他想要的消息：呂布成功攻佔郿塢，並將董氏族人盡數族滅。這使得他長舒一口氣，馬日磾、士孫瑞等人也對司徒恭賀道：“攻破郿塢，董氏滅亡，總算是還天下一個朗朗乾坤了。”
但不料王允絲毫不見歡喜，表面嚴聲厲色，竟說道：“董氏執政三年，爲禍的豈止是這些人而已？我們身爲國家重臣，正要除惡務盡！請諸公千萬莫要懈怠！”
王允這番話自是有他的道理。呂布已在書信中向他說明，攻破塢堡後董氏還有三人失蹤，不過三人年齡太小，難以成事，也不足爲慮。重要的還是在河東的牛輔軍團，牛輔身爲董卓僅存的女婿，是剩下的涼人天然的首領，一日不除牛輔，涼人便可能擁立牛輔爲主，繼而造反覆仇，朝廷也便一日不能安寧。
只是當如何除去，這卻是一個問題。司徒與百官商量此事，他的本意原本是想讓公卿與他聯名上表天子，宣佈牛輔爲叛逆，而後商議計策，如何派兵征討。孰料朝會上他還未說出意見，諸如趙謙等人的大部分朝官都說：牛輔在朝野裏對我等還算和善，不如先招撫一番，若其識得大體，又何苦妄動干戈呢？
衆人議論之下，很快連使者的人選都商議好了，等他們詢問王允的意見時，看見的卻是一副極爲冷漠的臉色，這才讓人反應過來：朝會開始後，司徒還沒有表明態度。
顯然王允不同意與招撫一事，但他看見衆意難違，就說：“此事關係重大，先讓我好好思量一番。”言下之意是此事暫且推後。這讓參會的朝官有所失望，但轉頭想：好惡乃是人之常情，司徒既然敢冒生命危險，爲國剷除禍患，可見心懷社稷，終究還是會以大局爲重的。
但他們料想不到的是，王允一回家中，便又招來自己的親族與親信，與他們商議說道：“董卓經略朝堂三載，威行天下，滿朝公卿皆受過董卓恩惠，心中真正懷有天下的，可謂寥寥無幾了。
如今董卓雖死，可朝中餘黨卻如竹根盤踞，他們如今雖假作投誠，可終究心念董氏，今日便想招撫牛輔，明日又意欲何爲呢？一旦牛輔率兵過來，他們必將繼續爲禍！如今朝廷已下三輔，又有郿塢錢糧在手，已不懼外敵，當務之急還是要消除內患啊！”
一旦司徒除去更多政敵，提拔的還能是誰呢？故而他的幕僚們對此都深爲贊同，只有其子王景質疑道：“大人，如今是非常之時，大敵未除，我們還是當以安撫爲先啊。正如大人所說，董卓黨羽衆多，可越是如此，就越容易激起內亂，到那時又用什麼抵禦涼人呢？還請大人三思啊！”
但王允手捻鬍髯，果斷地答說：“我連董卓都能誅殺，他的那些黨羽，才能不能及董卓十一，又能有何作爲？小子多慮了。”
於是定下了先剷除董卓黨羽的方針，王允以爲，董卓能夠駕馭羣臣，正是由於他們畏威而不懷德，自己正當暴起立威，令他們不敢再做二想。但從何開始着手呢？這確實讓王允頭疼了幾日，但很快，有人給他送來一個極好的理由。
六月初二，皇甫堅壽向朝廷上書，自陳車騎將軍皇甫嵩非是病重，而是兩月前爲董卓賜死，逼令他不得發喪，如今董卓既除，他向朝廷請求爲父親發喪，並希望朝廷能夠贈予父親一個諡號。
這件事整個長安城都心知肚明，並且都因此惋惜不已，甚至可以說整個長安政變能夠成功，也都是因皇甫嵩被董卓賜死，而王允說服呂布兵變的緣由，也正是“皇甫嵩”三字。現下皇甫堅壽挑明此事，也是希望接這股潮流，能夠給父親留一個好的身後名。
百官都覺得這是理所應當之事。畢竟皇甫嵩雖短暫爲董卓所用，但任職期間，盡職盡責，董卓每每與人產生齟齬，他都持正相勸，不少士人因此才得以保存。且又有重創黃巾與西涼叛軍的軍功，雖有自愛過甚之嫌疑，但對朝廷，也算仁至義盡了。因此，京官們在朝會上討論，覺得追贈一個如景、昭的美諡也不爲過。
但司徒卻不同意，他坐在天子身側的席位上，淡淡說：“景、昭未免過矣，應當再議。”
這是在朝會之上，士孫瑞、張喜等人事先都沒有與王允商議過此事，此時聽聞王允如此言論，心中都想，莫非司徒想給個平諡？於是第五儁先上前問說：“不知司徒欲以何爲諡？”
谷</span>這話頓時掀起軒然大波。名與實爽曰繆，意指言名美而實傷也。衆人本以爲王允最多取一個平諡，卻不料他竟直接選取了一個惡諡。這讓許多朝官都難以接受，如司空淳于嘉就激烈反對說：“車騎雖有小過，但有大功於朝廷，如何能於死後誹謗？我等能夠延續至今，誅滅董賊，難道就沒有車騎的遺澤嗎？司徒過矣！”
可王允竟露出冷嘲的顏色，當衆批評道：“若當真是皇甫義真的遺澤，我哪裏還敢起兵誅殺董賊呢？爾等可知道，我爲除去董卓夙興夜寐，可皇甫義真壞了我多少大事！”
於是司徒將自己這三年來，與皇甫嵩的往來一一陳述，說到皇甫嵩數次拒絕時，他言辭激烈，顯然對此耿耿於懷。而後更將自己陷害皇甫嵩與誅殺董卓的計劃細節公之於衆。
他說完，朝會衆臣鴉雀無聲。
沉默了好一會，五官中郎將蔡邕走上殿中，哀聲前道：“君子爲人處事，當光明正大，而百官身居高位，更當做天下之楷模。司徒於非常之時行非常之事，除暴戾，興忠孝，天下之人無不欽佩，都是因爲司徒心懷社稷。但如今大業方興未艾，正是要給天下顯示品德的時候，司徒如何能以申白之術亂天下人心呢？還請司徒慎言啊！”
他本欲再說多些，說大臣之間如此中傷構陷，太過影響軍心士氣。涼人原本頗受皇甫嵩之死影響，都以爲是董卓昏庸濫殺，故而士氣隨之低落；可如今司徒自己將這些公之於衆，他們便會認定是朝堂黑暗，士人欺辱太師，繼而同仇敵愾，導致大義之名反在叛逆手中。
可他直視王允那熊熊烈火般的眼神，終究將這些話嚥下去了。
但這些話蔡邕不說，王允也能明白他想說什麼，他拍着桌案，冷然道：“蔡公如此言語，是說董卓與皇甫嵩罪不當誅嗎？”
蔡邕還欲分辯，王允一聲斷喝：“夠了！”朝中百官都是一抖，衆人驚愕間，他急聲罵道：“董卓猖狂，就是你這樣的人太多！我每日出入幕府，見爾等藉着董卓的威風登上高位，尸位素餐，不思報國，反而助紂爲虐。竟到現在還不悔改，爾等莫非以爲，吾之刀劍不如董卓之快？”
說罷，他當即呼喚宮中侍衛，下令將蔡邕關入詔獄。這一切發生得太快，剩下那些本來還想勸諫一番的大臣們，如今也不敢言語，就轉而注視着蔡邕。蔡邕年歲已大，髮髻已是半白，身體也較爲虛弱，如今戴上鐐銬，才走上幾十步，整個人便顯得疲累不堪，以至於跟隨侍衛走下殿階時，還需要侍衛攙扶，衆人心中頓生一種悲愴之情，不少人都低頭不忍再看。
趁此機會，王允又稟告天子，下令追責，將那些進入過董卓幕府，而又沒有參與反董事宜的朝臣，一併革職問罪。而後又多拔擢被董卓罷黜的原袁氏掾吏，以表明自己對董卓舊黨絕不姑息的態度。
當夜，太尉馬日磾前往司徒府上，對王允勸說：“人非聖賢，孰能無過呢？司徒這樣苛求同僚，只會讓人人自危，人心淪喪，這又是何苦呢？即便如此，也不能在朝上直接逮捕蔡公啊！蔡公文壇領袖，士人仰慕，怎能如此處理？又有陳庭堅爲親，司徒如此處理，是想與幷州結仇嗎”
王允聽得大不耐煩，看在馬日磾也算是與他長久共過患難的情面上，他只是微作斥責道：“翁叔怎麼也說這種話？蔡伯喈若非文壇領袖，我還真不會如此處置，文壇領袖，天下楷模，竟心懷董賊之舊恩，天下人當如何看待我等？刑亂國用重典，我必殺其以正天下！君勿復多言！”
到次日，又有大量士人上表求情，希望王允能夠暫緩對昨日朝臣的處置，最少也要從輕發落。而蔡邕自己也上表道歉，希望暫受黥首刖足之刑，以續漢史，修史功成之後，再受死刑不遲。其中又有鍾繇上書說：“蔡邕與陳沖有親，司徒殺之，恐結仇於幷州。”王允受此壓力，這才略有轉意，但他對於其餘人等，就說不上仁慈了。
即不將書表全部駁回，也不公開處刑，但蔡邕還是下定決心，繼續將相關人等關押在詔獄之內，在獄中斷絕飲食，又加以鼠蟲侵害。
董卓生前常用詔獄關押犯人，入獄之人多達百計，但多還能在獄中生活數月，政變之後，生還者十之八九。
而在王允治下，未過五日，除去蔡邕外，還有二十七名董卓幕僚入獄，皆死於獄中。