不只因爲如此，由於亞當的白之月已經懸浮於地球衛星軌道上，莉莉絲對引力的計算髮生誤差，導致黑之月登錄失敗，就這麼直接撞進了地球裏。
這直接導致地球受到了劇烈的衝擊，造成了當時幾乎立於生物鏈頂點的恐龍因此滅族，從而導致了亞當的第十五顆生命之果回收失敗。而這次撞擊，就是史稱第一次撞擊的物種大滅絕事件。
不過莉莉絲並沒有任何的猶豫，在登陸後就立刻開啓了“轉生計劃”，通過黑之月上的智慧之樹，將自己的智慧因子灑向大地，催生了不以肉體力量取勝，而是靠着智慧立於食物鏈頂端的生命——人類，從某種意義上說，莉莉絲確實是這個世界所有人類的母親沒錯了。
【說起來亞當和莉莉絲的行爲模式與最終幻想中的傑諾瓦細胞非常類似，只不過傑諾瓦細胞進行宇宙旅行是爲了汲取星球的生命能量，亞當是爲了獲取更強的身體，而莉莉絲則是爲了更強的智慧。】
亞當惱怒莉莉絲打亂了自己的計劃，與莉莉絲進行了一場驚世大戰，那場戰鬥可以說是天昏地暗，日月無光，戰鬥中，智慧樹被毀滅，黑之月被打入地殼，生命之樹重傷，樹根化作後來的“朗基努斯槍”。亞當能量殆盡，失去行動能力的他只好等待使徒從生命之果中覺醒，完成補全從而乘坐月球離開，再次開始循環，而莉莉絲則同樣重傷頻死，落了個下半身被蒸發的下場。
由於智慧之樹被毀，莉莉絲無力回收智慧之果，在無奈之下將自己的生命因子和已經結成的生命之果進行置換（也就是想要將這些使徒體內的亞當細胞轉化成自己的細胞，同時也將生命之果中的一部分生命因子同化，這樣才能夠讓自己和生命之果擁有聯繫，從而在將來獲得這份肉*體【這也是後來爲什麼使徒會把莉莉絲當成亞當的原因】，這個過程要持續千百萬年，直到同化結束生命之果才能孵化），並存放於世界各地，自身則進入冰層沉睡，一邊養傷一邊等待生命之果孵化，企圖東山再起。
但是莉莉絲降臨地球時擴散出去的智慧因子已經開始發揮作用，慢慢進化出了人類，六千五百萬年後，人類在南極發現了假死狀態的亞當，因爲地球上所有生物都擁有亞當的生命因子（亞當的生命因子加強的是整個星球的進化速度，但只有進化的最強的生物在滅絕後才能變成生命之果），引發了亞當的甦醒，造成了第二次衝擊，但區區一支科考隊的人類的生命因子並不足以完全復活亞當，亞當只能尷尬的處於“靈魂守衛放了一波大，結果發現目標血量還沒自己多”的尷尬場面。
然後，人類找到了能量用盡的亞當，並持續抽取它的能量，最終迫使其退化到胚胎狀態以維持生命，最後甚至被人
而在這個過程中，亞當也強行催化出了第十五顆生命之果——也就是後來的渚薰，因爲這顆生命之果先天不足（沒有集合一個種族，僅僅吸收了科考隊那幾個人），因此孵化出的個體能夠保持自我。
後來，人類發現了莉莉絲的殘軀，並獲知了莉莉絲的計劃【死海文書，個人認爲死海文書是一道精神意念而非真正的文字】，企圖通過人類補完讓全人類逆襲莉莉絲，獲得永久生命的同時，也不再有任何隔閡，具體方法是通過類似妊辰的作用，讓全人類的人類意識匯於一體，以莉莉絲爲母體，誕生而出，取代莉莉絲掌握生命之樹和黑之月，進行宇宙旅行。
而這個計劃的重點，就是人類補完計劃的主導權。
因此，人類效仿第十五顆生命之果的事件，從莉莉絲體內提煉出了智慧因子（因爲沒有智慧樹，所以只是因子，肉*體需要人工培育），並孕育出了綾波麗，同樣也用生命之果和智慧之果的技術培育出了eva，而作爲祭品的就是碇真嗣的母親碇唯，碇唯的身體成爲了智慧因子的載體，最終產生了無數綾波麗，而碇唯的靈魂則進入了eva，代替了本來需要犧牲一整個種族才能凝聚的種族意識（零號機直接就是莉莉絲的靈魂，二號機有明日香母親的一部分靈魂，東治的三號機和設定本里有提到裏面有東治他媽的靈魂）。
隨後，所有生命之果的置換完成，並逐漸開始孵化，按照生命之樹的規則，進行如同養蠱般的戰鬥，並尋找亞當（當然了，此時因爲體內因子的關係，找的實際上是莉莉絲）。
人類按照計劃，成功戰勝了所有使徒，並獲得了與莉莉絲融合的權利。
不過這時候，人類的劣根性便爆發了出來，魂之座（SEELE）每一個都想要成爲人類補完計劃的主體，於是培育搭載s2機關的量產機，襲擊了NERV，不過碇原堂終究技高一籌，早在這之前就已經將亞當的胚胎植入了自己的右手（漫畫裏是喫下去然後出現在左手），藉由亞當胚胎和自己與綾波麗的關係，理所當然會成爲最後的主體，只有這樣，才能夠達成碇源堂內心深處的那個願望——與碇唯重新見面。
但就如亞當被莉莉絲的到來而打擾一樣，任何事情都不會嚴絲合縫的按照你的想法行動，初號機通過吞噬力天使，十分湊巧的擁有了亞當和莉莉絲的因子（當然還有s2機關），使得碇真嗣同樣具備這個資格，於是在最後時刻，選擇了碇真嗣的綾波麗，最終打斷了人類補完計劃，這也就是《真心爲你》的劇情了。（至於新劇場版，除了畫風感人和燃燒經費之外，我只當那是騙錢的再創作）
而整個故事中，最值錢的一部分，應該就是最後的人類補完了，不過巴別塔世界禁止更換血統，所以這部分對馮雪來說沒啥用，反倒是莉莉絲最後那一發直接將全人類橙汁化的反AT力場很有意思，馮雪覺得如果學會了這一招，就可以在不進行殺戮的前提下，直接將整個位面的人類精神化，然後收進自己的心象世界了。