卻說刁協走死，劉隗奔往後趙。王敦並非不聞，本來君側已清，理應入朝謝罪，收兵還鎮，但敦是個蜂目豺聲的忍人，既已起事，怎肯就此罷休當下據住石頭，按兵不朝，明明是脅迫元帝，志在橫行。元帝無法抵制，只得令公卿百官，統往石頭，勸令罷兵。敦盛氣相見，不待百官開口，便先問戴淵道：“前日交戰，君尚有餘力否”淵聽了此語，暗暗喫驚，勉強接口道：“怎敢有餘，但苦不足。”敦又問道：“我今爲此事，天下以爲何如”淵答道：“但論形跡，未免指公爲逆，若體誠心，應該諒公爲忠。”模棱語恐不足欺奸。敦冷笑道：“卿也好算是能言了。”又顧周顗道：“伯仁汝未免負我。”顗抗聲道：“公興兵犯順，下官親率六軍，不能盡職，終致王師挫敗，這原是有負公心呢。”敦被顗譏嘲，倒也無詞可答，但召入王導，屏人與語道：“老弟不用我言，險些兒滅族了。”導答道：“兄亦太覺孟浪，今日僥倖得志，還是祖宗的蔭庇，得休便休，幸勿太過。”敦掀髯道：“弟爲何這般膽小刁劉餘黨，尚列朝廷，還須除去數人。且主子由我等推戴，怎得疑忌我家就使主位不移，也當有一番改革，方免後憂。”導又道：“但教朝廷悔禍，不再加忌，我兄弟長得安全，也好趁此罷手了。”可見導當時心術。敦尚是搖首，導乃退出。原來元帝即位時，敦忌帝年長，意欲另立幼君，以便專政，獨導不肯依敦，所以敦有此云云。
導出與百官商議一番，還白元帝，百官承導意旨，當然不敢斥敦，但請元帝頒發赦書，並加王敦官爵，傷令退兵。元帝無可如何，只得下詔大赦，進王敦爲丞相，都督中外諸軍，錄尚書事，封武昌郡公，領江州牧，使太常荀崧齎冊詣敦，敦語荀崧道：“我此來不望升官，唯欲爲國家除患，一切封爵，我不願受，煩卿繳還便了。”實是無君，非特僞讓而已。崧申勸數語，敦終不聽，乃辭歸覆命。敦又召集百官，議廢太子，呼中庶子溫嶠至前，厲聲詰問道：“太子有何德望卿侍東宮，理應深知。古人有言：事父母幾諫。主上有過，不聞太子諫阻，難道尚得稱孝麼”嶠從容答道：“鉤深致遠，非淺見所能窺，據嶠看來，太子實是賢孝，就是公來輦下，亦未聞東宮抗議，貽誤國家，怎見他不從中幾諫哩”大衆亦隨聲附和，齊稱太子有道，說得敦無可辯駁，不得不自發自收，含糊過去。百官乃復還朝。
元帝召周顗入見，蹙然與語道：“近日大事，二宮無恙，諸人平安，大將軍果得副民望麼”顗答道：“二宮原如明諭，臣等生死，尚未可知。”元帝不禁長嘆。顗退至朝堂，護軍長史郝嘏等，與顗相遇，都勸顗暫避兇鋒。顗奮袂道：“我備位大臣，坐睹朝廷喪敗，已足增羞，豈尚可草間求活，外投胡越麼”郝嘏等乃不便再勸，各嘆息而去。果然不到數天，即致發作，首惡是王敦參軍呂猗，從惡是王敦堂弟王導。書法嚴刻。呂猗嘗爲臺郎，性好諂諛，爲周顗戴淵所嫉，此時出爲敦助，竟乘隙白敦道：“顗與淵俱負重名，今日不除，必爲公患。”敦本忌二人才望，一聞猗言，遂起殺心。適值王導復入，便顧問道：“周戴望重南北，果應登列三司否”導默然不答。敦又道：“若不應列三司，止可使爲令僕麼”導又不答。敦復張目道：“既不應列三司，又不應爲令僕，看來只好殺卻了。”導仍然不答。三問三不答，無非不滿周戴。敦即遣部將鄧嶽，率兵往捕周顗戴淵。
敦復召謝鯤入問道：“近日都下人士，有無異議”鯤應聲道：“物議悠悠，原不足計，但公嘗謂朝臣重望，莫如周戴，誠使大用二人，羣情自然帖服了。”敦動怒道：“君真粗疏，不達時事，二人怎可大用我已遣人收捕了。”鯤不禁駭愕，再欲進言，旁有參軍王嶠，向敦諫阻道：“濟濟多士，文王
以寧，想公定知此語，奈何捕戮名士”敦怒上加怒，竟欲殺嶠。鯤亟進諫道：“公舉大事，不妄戮一人。嶠不過納言忤意，便欲把他釁鼓，也未免過甚了。”敦乃釋嶠不誅，惟黜嶠爲領軍長史。周顗被收，道經太廟，向廟大呼道：“賊臣王敦，傾覆社稷，枉殺忠臣，神祗有靈，應速誅殛，毋使漏網。”說至此，被兵士用戟刺口，血流至踵，仍不改形。道旁行人，俱爲流涕。至石頭城南門外，正值戴淵亦被綁前來，淵已面無人色，顗仍容止自若，引頸就刑。顗被害後，淵首亦相隨落地。同是一死，勇怯懸殊，泰山鴻毛，所以有別。
元帝又使王彬勞敦，慰勞他做甚難道他能殺大臣麼彬素與顗善，先往哭顗，然後見敦。敦見他面目悽慘，尚有淚痕，便問爲何事彬直說道：“見伯仁屍首，不禁悽慘，所以下淚。”敦憤然道：“伯仁自尋死路，死何足惜汝與他有甚麼情誼，反去哭他”彬答道：“滿朝大臣，如伯仁忠直，實不多得。況朝廷新下赦詔，伯仁本無大罪，無故遭此酷刑，怎得不悲怎得不哭”敦又道：“汝莫非病瘋麼”彬不禁瞋目道：“如兄抗旌犯順，殺害忠良，謀爲不軌，如此過去，恐禍及全家了。”說着，詞氣慷慨，聲淚俱下。敦攘臂起詬道：“汝這般無禮，狂悖已極，難道我不能殺汝麼”這數語聲達帳外。王導聞知，搶步趨入，忙爲排解，且勸彬向敦拜謝。彬直答道：“腳痛不能拜。況彬並未嘗得罪，何必致謝。”敦獰視道：“腳痛比頸痛，究竟是何種利害”彬仍無懼容，仍不肯拜。導恐他再起衝突，即扯彬同出，導有愧彬多矣。敦乃不復追究。後來導入檢中書故事，方見顗上表救己，執表流涕道：“我雖不殺伯仁，伯仁由我而殺，幽冥中負此良友了。”死骨已朽，追悔何益且說王敦既殺死周顗戴淵，仍未罷兵。敦將沈充，陷入吳郡，吳國內史張茂被殺，此時鎮南大將軍甘卓，但出屯睹口，逗留不進。卓兄子卬，曾爲敦參軍，敦先遣卬歸卓，囑令傳語道：“君興師相抗，自守臣節，我也不敢怪君。但我爲身家起見，不得不然，事平便當歸鎮，君亦可返旆襄陽，彼此再結舊好，往事不必重提了。”甘卓本來是沒甚主意，見卬得歸來，已喜出望外，且聞敦有意修好，樂得觀望徘徊，在途觀變。既而敦又遣臺使齎騶虞幡，晉朝有白虎騶虞二幡。白虎是催軍，騶虞是解鬥。令卓退兵。卓問明臺使，得周戴二人死狀，乃流涕語卬道：“我正恐王敦得志，必害忠良，尚幸聖上元吉，太子無恙，我據敦上流，想敦未必敢遽危社稷，我若進奪武昌，敦無路可歸，必劫持天子，越加猖獗，今不如還守襄陽，再作後圖罷了。”便下令軍中，拔營退回。都尉秦康，邀同樂道融，道融見前回。相偕進諫道：“將軍奈何還兵試想將軍仗義東行，無非爲討逆起見，逆敦不除，有進無退，今正當分兵，堵截彭澤，使敦上下不得相救，衆自離散，敦勢既孤，一戰可擒。若就此中止，轉失人望。況將軍麾下，士卒多思除逆立功，博取富貴，乃索然退回，恐反將嫁禍將軍，將軍尚能安然西還麼”苦口危言，難救膏肓沈痼。卓不肯從。道融復連番泣諫，仍不見聽，竟致憂憤而歿。卓竟引兵退入襄陽去了。王敦聞甘卓還軍，當然心慰，令西陽王羕爲太宰，王導爲尚書令，王廙爲荊州刺史，擅易百官及各處鎮將，轉徙黜免，數以百計。乃擬率兵西還武昌，謝鯤進言道：“公入都以來，累日不朝，所以功業雖成，衆心未服。今若入朝天子，使君臣兩釋猜嫌，尚有何人不服呢”敦沈吟道：“我若入朝，能保無他變嗎”鯤答道：“鯤近日入覲，主上正側席待公，宮省穆然，必無他虞。若防有他變，鯤願侍從。”敦勃然道：“君等屢來饒舌，我若殺君等數百人，也沒有甚麼害處。”一味蠻橫。鯤見他聲色俱厲，料難再諫，因即告退，未幾病歿。敦始終不朝，自思佈置已妥，便即啓行，徑還武昌。