峻黨張健，奔駐曲阿，弘徽韓晃等，先後趨至。健擬東竄吳興，弘徽謂不如北走，兩人爭論起來。健拔出佩刀，剁斃弘徽，遂使韓晃等乘車陸行，自己乘舟水行。舟車中滿載子女玉帛，由延陵東赴吳興，東軍尚未退去，即由王允之親督將士，截住水陸兩路叛黨，大破張健韓晃，奪得男女萬餘口，並金銀布帛等物。健晃收拾餘衆，改向西奔，又被郗鑑阻住，不能過去，因轉走巖山。鑑使參軍李閎，領兵追擊，健等逃匿山岡，不敢出戰。惟韓晃挾箭兩囊，至山腰中，自坐胡牀，彎弓迭射。閎麾衆登山，前驅多中箭倒斃，直至箭已射盡，才得殺上，把晃圍住，四面攢擊。任你韓晃如何梟悍，也落得身首異處，一命嗚呼。閎衆挾刃再登，搜殺健等，健料不能免，惶恐出降。閎責他罪惡滔天，立命梟首。自是峻黨盡平。冠軍將軍趙胤，復遣部將甘苗，往攻歷陽。祖約部將牽騰，開城迎苗。約挈領家族，及左右數百人，逃奔後趙去了。
兩叛既滅，江左粗安，惟建康宮闕，已成灰燼，一時不及築造，但借建平園爲宮。溫嶠欲遷都豫章，三吳人士，請遷都會稽。議出兩岐，紛紜未決。司徒王導，獨主張仍舊，排斥衆議道：“孫仲謀與劉玄德，俱言建康饒有王氣，足爲皇都，怎得無端遷徙呢古時聖帝明王，卑宮菲服，不求華麗，若能務本節用，休養生息，不出數年，元氣漸復，自見蕃昌；否則移居樂土，亦且成墟，即如近來北寇，日伺我隙，我再避往蠻越，更屬非計，道在鎮定如常，安內馭外，才無後憂。”此語卻說得有理。溫嶠等聽到此言，也以爲導有遠見，取消前議，不復遷都，即用褚上羽下夾爲丹陽尹。上羽下夾收集散亡，盡心撫卹，京邑復安。朝廷論功行賞，進陶侃爲侍中太尉，封長沙公，兼督交廣寧州諸軍事。郗鑑爲侍中司空，封南昌公。溫嶠爲驃騎將軍，開府儀同三司，加散騎常侍，封始安公。陸曄進爵江陵公。此外得進封侯伯子男，不可勝計。追贈卞壺、桓彝、劉超、鍾雅、羊曼等官爵，並各賜諡。峻黨路永匡術賈寧，相繼反正，王導欲悉予封階。溫嶠道：“永等皆蘇峻腹心，首爲亂階，負罪甚大，晚雖改悟，未足贖罪。誠使得全首領，已爲幸事，豈尚可再給榮封麼”導乃罷議。
門投竄山海。成帝手詔慰諭，謂系社稷危難，責不在舅云云。未免左袒。亮自覺過意不去，又上書引咎道：
臣凡鄙小人，纔不經世，階緣戚屬，累忝非服，叨竊彌重，謗議彌興。皇家多難，未敢告退，遂隨諜展轉，便膺顯任。先帝不豫，臣參侍醫藥，登遐顧命，又豫聞後事，豈雲德授，蓋以親也。臣知其不可，而不敢逃命，實以田夫之交，猶有寄託，況君臣之義，道貫自然。哀悲眷戀，不敢違拒。加以陛下初在諒暗，先後親攬萬機，宣通外內，臣當其責，是以激節驅馳，志以死報。顧乃才下位高，知進忘退，乘寵驕盈，漸不自覺，進不能撫寧內外，退不能推賢宗長，遂使四海謗怨，羣議沸騰。祖約蘇峻，不堪其憤，縱肆凶逆，事由臣發，社稷傾覆，宗廟虛廢，先後以憂逼登遐，陛下旰食逾年，四海哀惶，肝腦塗地，臣之招也，臣之罪也。朝廷寸斬之，屠戮之，不足以謝祖宗七廟之靈。臣灰身滅族，不足以塞四海之責。臣負國家，其罪實大，實天所不覆，地所不載。陛下矜而不誅，有司縱而不戮，自古及今，豈有不忠不孝，如臣之甚不能伏劍北闕，偷存視息，雖生之日，猶死之年。朝廷復何理齒臣於人次臣亦何顏自次於人理臣欲自投草澤，思愆之心也，願陛下覽先朝謬授之失，雖垂寬宥，全其首領，猶宜棄之，任其自存自歿，則天下粗知勸戒之綱矣。冒昧瀆陳，翹切待命。這書呈入，復有詔復答道：
蘇峻奸逆，人所共聞，今年不反，明年必反。舅勃然而召，正是不忍見無禮於君者也。論情與義，何得謂之不忠乎若以總率征討，事至敗喪，有司宜繩以國法，誠則然矣。但舅申告方伯，席捲東來，舅躬擐甲冑，卒得殄逆，社稷前玻宗廟有奉，豈非舅與二三方伯，忘身陳力之勳耶方當策勳行賞，豈可咎及既往舅當上奉先帝付託之重，弘濟艱難，使衍沖人，永有憑賴，則天下幸甚