劉裕覆命毅爲兗州刺史，規復江陵。時益州刺史毛璩，從白帝城引兵出發，襲破漢中，得誅桓希。桓氏勢力日蹙，惟荊襄尚爲所據。桓振令桓蔚駐守襄陽，勉強過了殘年。一交正月，南陽太守魯宗之，起兵討逆，掩入襄陽城。桓蔚走還江陵，劉毅並集各軍，再攻馬頭。桓振挾安帝出屯江津，遣使求割江荊二州，然後送還天子。劉毅不許。振正欲拒戰，不防魯宗之殺入柞溪，擊破振將桓楷，進駐紀南。振不得不還防宗之，留桓謙馮該卞範之守住江陵，監視安帝兄弟。謙令馮該堵截豫章口，爲劉毅等所擊敗，再奔石城。毅等直至江陵城下，縱火焚門，謙等棄城西遁。惟卞範之遲走一步，被晉軍攔住，拿下處斬。隨即撲滅餘火，麾軍入城。卞範之到此才死，總算桓氏的異姓忠臣。桓振到了紀南，殺退魯宗之軍，返救江陵，途中望見火起，料知城已被陷，部衆潰散，振無路可歸，逃往溳川。安帝再得正位，改元義熙，復下赦詔，惟桓氏仍不得赦。前豐城公桓衝，有功王室，特赦免衝孫胤一人，徙居新安。進劉毅爲冠軍將軍，所有行宮政令，悉歸毅主持。授魯宗之爲雍州刺史，毛璩爲徵西將軍，都督益梁秦涼寧五州軍事。璩弟瑾爲梁秦二州刺史，瑗爲寧州刺史，遣建威將軍劉懷肅，追剿桓氏餘黨，陣斬馮該。桓謙桓蔚桓楷何澹之等，都西奔後秦。
會建康留臺，備齊法駕，來迎安帝。何無忌奉帝東還，留劉毅劉道規居守夏口，江陵歸荊州刺史司馬休之入守，不意桓振再收遺衆，又從溳川進襲江陵。司馬休之未曾豫備，倉皇出敵，吃了一個敗仗，奔往襄陽。振再入江陵，自稱荊州刺史。建威將軍劉懷肅，急引軍救江陵城，劉毅又遣廣武將軍唐興爲助，夾攻桓振。振出戰沙橋，還靠着一把大刀，盤旋飛舞，亂劈晉軍。懷肅素知桓振厲害，早備着強弓硬箭，與他對敵，兵刃初交，便令軍士彎弓迭射，箭如驟雨一般。振衆死了一半，逃去一半，那時振亦沒法支持，拍馬欲逃，偏偏馬已中箭，掀倒地上，振亦墜馬。懷肅急搶前一步，手起刀落，把振剁作兩段。桓氏後起悍將，至此才盡。江陵城當然奪還。
惟益州刺史徵西將軍毛璩，得了江陵再陷消息，集衆三萬，東出討振。使弟瑗出外水，參軍譙縱出涪江，偏蜀人不樂遠征，多有怨言，縱將侯暉，與巴西人陽昧聯謀，逼縱爲主。縱不敢承受，自投水中，又爲暉等撈起，再三固請，脅縱登車，往攻秦梁二州刺史毛瑾。瑾在涪城，聞變調兵，一時無從召集，即被侯暉等陷入，把瑾殺死，遂推縱爲梁秦二州刺史。毛璩行至略城，才知縱等爲亂，慌忙趕還成都。亟使參軍王瓊，率三千人討縱，又令弟瑗領兵四千，作爲後應。瓊至廣漢，適值侯暉引衆攔阻，當由瓊麾兵殺去，擊斃暉衆數十名，暉即引退。瓊乘勝急追，瑗亦從後趨進，馳至綿竹，不意譙縱弟明子，奉了兄命
先是，劉毅嘗爲劉敬宣寧朔參軍，時人或稱毅爲雄傑，獨敬宣說他“內寬外忌，誇己輕人，將來得志，必致陵上取禍”云云。毅得聞此言，銜恨甚深。及敬宣因功加賞，擢任江州刺史，毅使人白裕道：“敬宣未預義謀，授爲郡守，已屬過優，今超任至江州刺史，豈不令人駭愕麼”是即誇己輕人之一斑。裕卻未依毅議。敬宣已稍有所聞，自請解職，乃召還爲宣城內史。毅復與何無忌等，分討桓氏餘黨，所有桓亮桓玄等遺孽，一概蕩平。荊湘江豫四州，從此肅清。有詔命毅都督淮南五郡，無忌都督江東五郡，晉室粗安。惟永安何皇后自巴陵還都後，年已六十有六，累經跋涉，飽受虛驚，便即一病去世，追諡爲章皇后。了結何後，筆不滲漏。當時，宮廷雖經喪亂，但大憝已除，人心自然思治，共望昇平。惟有一個彭澤令陶潛，系是故大司馬陶侃曾孫，表字元亮，一字淵明，獨因郡中遣到督郵，縣吏謂應束帶出迎。潛慨然太息，謂不能爲五斗米折腰，遂於義熙二年，解印去縣，歸隱慄裏，自作歸去來辭表明高志。後來詩酒自娛，屢徵不起；到了劉宋開國，還去徵召，仍然不就，竟得壽終，這也是危邦不居，無道則隱的意思。不沒高士。小子有詩讚道：
擺脫塵纓且掛冠，何如歸隱尚堪安。
北窗醉臥東皋嘯，能效陶公始達觀。
陶潛歸隱，寓有深衷，實在是江左亂端，未曾平定，試看下回盧循等事，便可分曉。
桓玄無赫赫之功，足以名世，但乘會稽父子之亂政，闖入建康，竊取大位，其爲輿情之不服也可知。劉裕劉毅何無忌等，奮臂一呼，玄即敗潰，始則猶挾安帝爲奇貨，及一失所挾，即被誅於枚回洲。計其僭位之期，不過半年，其亡也忽，誰曰不宜論者謂玄挾主而不敢弒主，至桓振再起，欲弒主矣，而卒爲桓謙所阻，是桓氏猶有敬主之心，雖曰爲逆，尚可少原。不知彼欲借主以逃死，並非活主以鳴恭，假使玄得在位一二年，安帝寧尚得再生平惟毛璩首先倡義，不愧爲忠，至聞桓振復陷江陵，又率衆東下，報主之心，可謂摯矣。乃其後卒爲叛徒所戕，禍及滅門，忠而構難，是亦當與劉越石同一嘆惜也。然觀於譙縱之速亡，璩亦可無遺恨也乎