所以当父亲去世，慕容霸的哥哥慕容儁继位称帝后，慕容霸的境况便急转直下。首当其冲的是他的名字，原来他早年骑马时曾不小心摔掉了牙齿，为了取笑他，皇帝哥哥便抓住这一点，强迫他改名为“”。但因为此字犯了避讳，所以只好去掉偏旁，改名为“垂”。改名事件仅仅是释放了危险的信号，更可怕的事情还在后面。
慕容垂的妻子段氏出身名门，颇有才气，但一向与皇帝的妻子可足浑氏不和。可足浑氏成为皇后之后，一直寻机报复，想来想去，给段氏扣了顶搞“巫蛊之事”的帽子。这种莫须有的罪名让段氏大感冤枉，但皇帝视而不见，反而想要借此把慕容垂一起收拾掉。段氏宁死不屈，绝不认罪，也不肯拖丈夫下水，最终冤死狱中。慕容垂虽逃过一劫，但还是被贬去了辽东。妻子死后，他本想娶妻子的妹妹当继室，可是皇后不允，强迫他娶了可足浑家族的女人为妻，这等于在慕容垂的身边安插眼线。慕容垂什么都没做，就因为皇帝哥哥和皇后嫂嫂的嫉恨，既失去了权力，又失去了自由。
慕容儁去世后，年幼的太子慕容暐继位，太原王慕容恪奉旨辅佐，进入了权力的中心。慕容恪对慕容垂颇为赏识，让他随军出征，为国效力。慕容垂的军事才能在战场上得到了充分的施展，他作战英勇，富有谋略，所以慕容恪在病重之时，曾强烈向皇帝推荐让慕容垂主持国家大事。谁知皇帝和他的父亲一样，就是信不过慕容垂，宁可让自己八岁的弟弟慕容冲担任要职，也不肯重用慕容垂。而且在慕容恪死后，朝廷实权派慕容评也认为功高盖主的慕容垂是心腹大患，一直对其进行打压。就这样，人生刚刚有起势的慕容垂再次陷入了低谷。
公元369年，东晋大司马桓温领兵攻打前燕。前燕的军队根本无法抵抗，被晋军打得丢盔弃甲。前线战事的溃败让皇帝和慕容评吓得屁滚尿流，他们一方面派人去邻国前秦求援，一方面打算逃到以前的都城去。此时，慕容垂站了出来，他主动请缨想要抗击晋军。在国家生死存亡之时，皇帝也顾不了那么多了，便应允了他的请求。果不其然，穿上盔甲的慕容垂重新找回了活力，他英勇果敢，在枋头大败桓温，斩敌三万人。此战不但化解了祖国的危机，更让慕容垂声名大振。可是善妒的皇帝和慕容评更讨厌慕容垂这个似乎无所不能，战无不胜的军事奇才。
所以当慕容垂请求朝廷奖赏自己手下的将士们时，慕容评拒绝上报。这让打了胜仗的慕容垂非常生气，他据理力争，与慕容评大吵起来。可惜他的抗争没有任何作用，反而是皇帝、慕容评、太后可足浑氏联合起来，一同商讨除掉他的计划。幸亏当年对自己有知遇之恩的慕容恪的儿子提前给自己报信，慕容垂才有所准备。他不忍对慕容家的亲人下手，于是便打算逃到辽东避祸。谁知就在这个时候，发生了一件让慕容垂又悲痛又震惊的事情，他的小儿子慕容麟居然选择背叛他，向敌人报告了他的行踪。走投无路的慕容垂只好听从长子慕容令的建议，背叛了自己的祖国，去投奔前秦的皇帝苻坚。
苻坚对慕容垂的到来表示热烈欢迎，他做梦也没有想到自己的对手慕容家居然这么蠢，不用自己动手，他们便内乱消耗一番，还把慕容垂这样的军事奇才送给自己。但苻坚的谋士王猛的目光更长远，他看出慕容垂有大才，绝非久居人下之辈，更何况他身份特殊，虽然投靠了前秦，但毕竟还是慕容家的人，这样的人如何能够信任？所以他几次三番请求苻坚下令诛杀慕容垂，但苻坚就是不肯。被逼无奈，王猛只好亲自动手。
他设下妙计，先是请求苻坚让慕容垂长子慕容令随军出征，又找来慕容垂和自己喝酒。两人在酒宴上相谈甚欢，王猛趁机向慕容垂索要信物，慕容垂想都没想，就把自己随身携带的金刀献给了王猛。王猛得此金刀，又收买了慕容垂的亲信金熙，让他带着金刀去见慕容令。金熙向慕容令出示金刀，假传慕容垂的口信，说前秦不可久留，应该速速回到燕国。慕容令信以为真，马上重回前燕。
这消息传到慕容垂耳中时，他吓得魂不附体，儿子此举等同叛逃，也让自己陷入叛乱的困境之中。仓促之间，慕容垂只能选择逃跑，谁知没跑多远便被前秦的军队捉住。万幸的是，苻坚爱才心切，不忍杀他，反而出言安慰。这让王猛大跌眼镜，一招天衣无缝的妙计因为苻坚的不配合落了空。只是可怜那倒霉的慕容令，虽然逃回了前燕，但是没有人愿意信任一个叛逃过的人，最终阴差阳错之下，慕容令死在了前燕。
不久之后，前燕被前秦消灭，又经过了一番征战，苻坚基本上统一了北方。此时的苻坚雄心勃勃，他渴望灭亡东晋，一统天下。尽管早就有“欲速则不达”的古语，苻坚身边的第一谋士王猛死前也曾反复叮嘱他千万不要攻打东晋，但他已经听不进去了。公元383年，淝水之战爆发，这本来是一场实力悬殊的战役，前秦军队在数量上处于绝对的上风，可惜骄兵必败，苻坚在此战中几乎输掉了全部的家底。就当他灰溜溜地逃亡时，慕容垂和他的部队出现在了苻坚的面前。
早在战败的消息传来时，就有人向慕容垂建议趁机杀掉苻坚，光复燕国的基业。但慕容垂想到了当年走投无路时，正是苻坚收留了自己，念及旧情，他拒绝了这个提议，不但将自己的军队都交给了苻坚，还决心亲自护送。只是北方大乱，群雄逐鹿，慕容垂不可能永远甘心做战败者苻坚的臣子。他借口平定叛乱，离开了苻坚，与前燕的旧臣们取得了联系。从此，一场轰轰烈烈的复国大戏正式上演。
慕容垂招兵买马，号召当年的前燕将领和反对前秦的部队投靠自己，一同攻打邺城。当时镇守邺城的是前秦长乐公苻丕，苻丕被困多日，渐渐抵挡不住，于是便想了个主意，派人去东晋求援。东晋接到消息，马上派兵救援，慕容垂临危不乱，赶快叫人修一座外城来抵抗晋军，并最终大败晋军。苻丕眼看请来的救兵也不是慕容垂的对手，只好宣布撤兵，将邺城拱手相让。公元386年正月，慕容垂自立为帝，改元建兴，史称后燕。多年的等待，加上命运无情的捉弄，慕容垂还是咬牙坚持了下来，终于完成了光复燕国的大业。