第三日，也就是五月十五，各軍開始縱情大掠。曹軍的做法是，在各自轄區內，分出無數小隊，蒐羅人口並將之集中到容易關押之處，比如他們禮拜的道觀。歷城作爲黃巾經營最久的城池之一，滿城都是中黃太乙觀。兗州軍士在蒐羅人口的時候，遍入富戶大室，搶走便與攜帶的金銀綢緞。爲了獲取財物，拷掠主人直至慘死者，隨處都可以瞥見。
歷城爲通衢之城，十餘年來商旅彙集，富裕人家比鄰而居，是齊漢中名列前五的重鎮，可如今都無法逃脫遭遇瘋狂搶劫的命運。長劍三兩兗州軍人，身披綾羅綢緞，出入朱門，牽人妻女入室姦淫。人們的悲泣哀嚎，換來的不過是無情的鞭撻。
人口蒐羅得差不多之後，平常摩肩擦踵喧嚷熱鬧的大街小巷，已是一片空蕩蕩了。路邊街角，隨處可見凍餓倒斃的死人。兗州騎士穿街過巷縱馬馳騁，不僅死屍被踐踏得面目全非，很多倒在路上不能行走的活人，也被翻飛的馬蹄活活踩死。
人去樓空的街巷，成了野狗出沒的場所，常常看到數十隻狗子撕咬搶奪血腥發黑的內臟。加上現在已是夏日，蚊蟲滋生，很快，全城都能聞到股股腐屍的臭氣。原本爲歷城人所羨慕，飛往濟水北岸的烏鴉，此時又成羣結隊飛了回來。他們落腳在屋頂樹杈，穿巷飛掠而下，踩在死人的臉上啄食眼珠。
城中被俘的軍人，主要集中在城北各樓。兗州士卒不問緣由，先拉出一部進行屠殺。軍人號哭之聲持續了一個下午，死者數以千計，血腥之氣十里外都可聞到。苦於直接殺人太費勁，就慢慢停止了。晚上，有俘虜哀聲問說：“不是說好爲奴嗎？何至於此。”但還未有曹軍回答，就有俘虜反過來斥責說：“男兒生在天地之間，堂堂正正，他等違約自是小人行徑，我等領死就是，何故做小兒態！”
其中又有人從中認出左軍軍候劉石，知道他在河口會戰裏臨戰投降曹操的事蹟，當即大罵道：“你這瞎眼狗，也敢來這裏屠殺故舊嗎？”劉石聞言羞愧不敢擡首，只得匆匆走出城北，向曹操稟告此事。
而此刻的曹操大營，也正處於爭端之中。朱皓來到曹營，本就帶着劉備臨行前的囑咐，讓他關照曹軍，切勿再行奉高之事。這件事雖是與曹操的密探，但衆將都也是知道的，所以此戰本來也沒有屠城的打算。孰料曹操在歷城投降後，竟然臨時反悔，不止要殺降，竟連城中百姓也毫不放過，這在僚佐中自然引起了軒然大波。
朱皓主動找曹操申述道：“曹公說好大赦，還是讓將士們都收斂一些吧！”曹操冷笑道：“這些賊子殺戮國家三公，是無赦可免的死罪，難道仲明聽說過這樣的前例嗎？”
朱皓愕然，無言以對。從這個時候開始，他對曹操的尊敬都了無蹤影，只剩下一懷憤懣。他轉而去找曹操麾下的那些僚佐，希望他們能夠忠於朝廷，幫助自己救下部分百姓。
可軍中大部分將領都對朱皓的言語嗤之以鼻，他們正因劫掠和屠城大發橫財，自然是聽不進去的。但還好，州府中也有僚佐如陳宮、魏種、臧洪等，心中對朝廷更爲忠誠，對曹操酷烈的行事也有所不滿。他們便也對朱皓應允，一齊向曹操進言。奈何曹操仍舊不從，只說：“軍士即已入城，哪有讓他們再出的道理？逆賊之心與我軍心相比，又如何能夠並論？”
這時候，恰逢劉石進來問如何更快屠殺俘虜，曹操擺手說：“這有什麼難的？殺人最簡單的是挖坑填埋，不費力氣，也不見血腥氣，如果還是嫌慢，那就扔濟水裏去。”陳宮等人在旁聽得駭然。
當夜，兗州士卒將數千齊人俘虜牽至城外溝塹中填埋。第二天早上，又大羣野狗跑來刨坑，亂箭也射之不去。朱皓看得這幅慘狀，無言以對，他又私下與陳宮臧洪等人哀嘆說：“曹操貪鄙殘忍，殺掠我青州百姓，致使濟南塗炭，萬民死亡。大將軍得知，就會說是我辦事不利，才導致如此慘狀，將來即使攻下青州，人們心懷仇怨，無法治理，過錯都將在我的頭上啊！”
朱皓聞言，心中有了幾分贊同，問他道：“陳從事的意思，是要我怎麼做呢？”
陳宮趁機建議說：“曹孟德屢屢有不義之舉措，可大將軍卻不能大肆處罰，爲何？是擔憂一旦罰罪，曹孟德便會擁兵作亂罷！他地處中原，毗鄰東京，若處理不慎，恐怕有慶夫之憂。這對大將軍確實是個難事，但對於我們卻不成問題，朱君可回去稟告於大將軍，此戰一畢，我等回到兗州，會暗中聯絡州中忠志之士，待有所成，大將軍可下令處罰，我等便以各縣府歸誠於朝廷，擒拿曹操！如此一來，兗州就能真正歸於朝廷！”
朱皓眼睛一亮，心想若真是如此，不僅屠城一事與自己無關，還能立有大功。他轉頭看魏種、臧洪幾人，見他們也都神色肅穆，心中也有了底，回頭低聲問陳宮道：“公臺此言大妙，只是需要多少時間，能拉攏多少人，你需給我透個底，我好說與大將軍。”
陳宮低首想了想，回答說：“若說能拉攏多少人，這不太好說，但陳宮可說，陳留、東郡、濟陰、山陽四郡內，多有我好友，我陰爲聯絡，快則二月，慢則四月，便能控制住各郡形勢。唯一難平的乃是曹操軍士，他們多由諸曹夏侯掌控，難以策反。”
一旁的魏種聞言，開口說道：“可以讓邊使君多到軍中來犒賞賑糧，拉攏士卒。到那時，我們只要擒拿將官，對諸軍宣讀朝廷詔令，軍中無人願爲曹操赴死，也就掀不起什麼亂子了。”
臧洪卻聽出幾分不對，問道：“那耗時豈非更長？常言謀事在密不在多，行事宜速不宜緩，如此行事，是否會因此爲曹操所察？”
陳宮答說：“我等爲朝廷做事，諸事皆堂堂正正，無可指摘，孟德察覺又能如何？除非他願爲天下之大不韙，公然反叛。那民心不附下，孟德無非是自取滅亡罷了。我如此做事，也是爲孟德好，將他送回西京，也不失爲千戶侯啊。”
衆人計議已定，但出帳看見滿城淒涼，仍不禁扼腕。人們感嘆生不逢時，值此末世，只能親見歷城闔城繼續遭受曹軍的蹂躪。
再說曹操這邊，他對陳宮等人的密會並不在意，反而在親自過問諸將，問他們抄掠有何所得。衆將都懂得曹操此行的想法，於是獻上了不少美貌女子。其中有不少大族的女兒、兒媳，甚至還有眭固的妻女，她們聚在曹操營帳中，整日只穿褻衣服侍，有時候白日宣淫，連百步外都聽得到聲音。
曹操特意留了眭固之子眭安一條性命，讓他在門外垂手聽命，一喊“阿奴過來”，他就得進去安撫流淚的母親與妹妹，軍士們見狀都折辱嘲笑於他，他也只能敢怒不敢言，裝作自己什麼都聽不見。
此時天氣更加炎熱，連日烈日暴曬。因爲缺衣少食，餓死之人比比皆是。城東城西，都可見到裸身女子橫死路邊。因無人收屍，腐爛的屍體填滿了街邊和溝渠。
如此景象一直持續到五月二十三日，曹軍將歷城上下搜刮一空，除去少部分被收爲奴婢的男女外，城中已經沒有任何活人可言了。曹操最後下令，將整座歷城一舉焚燬，不再讓這裏成爲兗州進軍青州的攔路石。
曹軍在牆內牆外堆積了一日的柴火，到傍晚，再將火炬投入其中，火龍頓時騰起，將城中尚在啄食的烏鴉驚得再度北飛。而那些羣聚的野狗們，就只能在火光中與屍體一同作伴了。
黑暗的天幕下，沒有任何人的聲音，只能聽見樹枝噼裏啪啦燃燒的脆響，天上的繁星也因火光而失色，或許是燃燒有死去的魂靈，纔能有這樣劇烈的光芒罷。歷城燃燒了整整一夜，第二日後，這座濟南的千年古城淪爲一座廢墟，世人只能從黝黑的燒痕中去回憶它過往的輝煌了。