玄性苛細，好自矜伐，朝令暮更，羣下無所適從，遂致奏案停積，紀綱不治；惟素好遊畋，日必數出。兄偉葬日，旦哭晚遊。且出入未嘗預告，一經命駕，傳呼嚴促，侍從奔走不暇，稍或遲慢，即遭斥責，所以衆情鹹貳，怨氣盈廷。玄心中也不自安，時常戒備。一夕，有濤水涌至石頭城下，奔騰澎湃，突如其來，岸上人不及奔避，多被狂濤捲去，頓時天昏地黯，鬼哭神號。玄在建康宮中，也有聲浪傳到，矍然驚起道：“敢是奴輩發作麼，如何是好”說着，即命左右出外探聽。及接得還報，方知巨濤爲祟，才得放心。
尋遣使至益州，加封刺史毛璩爲散騎常侍，兼左將軍。璩不肯服玄，竟將來使拘住，扯碎玄書。因授桓希爲梁州刺史，令他分派諸將，調戍三巴，嚴防毛璩。璩索性傳檄遠近，列玄罪狀，慷慨誓師，剋日東討。彷彿似雷聲一震。當下遣巴東太守柳約之，建平太守羅述，徵虜司馬甄季之，會攻桓希，大得勝仗，遂引兵進屯白帝城。玄又命桓弘爲青州刺史，鎮守廣陵，刁逵爲豫州刺史，鎮守歷陽。弘令青州主簿孟昶，入都報政，玄見他詞態雍容，很加器重，便語侍臣劉邁道：“素士中得一尚書郎，與卿同一州里，卿可相識否”邁與昶皆下邳人，素不相悅，至是即應聲道：“臣在京口，不聞昶有異能，但聞他父子紛紛，互相贈詩哩。”玄付諸一笑，乃遣昶仍返青州。昶行至京口，正與劉裕相遇，彼此敘談，頗覺投機。裕笑語道：“草澤間當有英雄崛起，卿可聞知否”昶接口道：“今日英雄爲誰，想便應屬卿了。”看官聽說，昶因劉邁從中媒孽，隱懷憤恨，所以見了劉裕，樂得乘間挑釁，要他去做個衝鋒，推倒桓玄。
裕乃與昶共議匡復方法，當時有好幾處機會，可以聯絡，一是弘農太守王元德，與弟仲德皆有大志，不服桓玄，此時卸職入都，正好使他內應。還有前河內太守辛扈興，振威將軍童厚之，亦寓居建康，與裕素有往來，亦可密令起應元德，做個幫手；二是裕弟道規，方爲青州中兵參軍，正好使他暗襲桓弘，當令孟昶還白道規，佐以沛人劉毅合同舉事；三是豫州參軍諸葛長民，也是裕一個密友，正好使他同時舉發，襲取豫州刺史刁逵，據住歷陽。安排已定，便分頭通知。
過了兩日，無忌偕裕出行，託詞遊獵，號召義徒，共得百餘名，就中選得志士二十人，使充前隊，自己冒作敕使，一騎當先，揚鞭入丹徒城。徐兗二州刺史桓修，聞有敕使到來，便出署相迎。兜頭遇着無忌，正要啓問，偏被無忌順手一刀，頭隨刀落，當下大呼討逆，衆皆駭散。劉裕得無忌捷報，即馳入府舍，揭榜安民，片時已定。當將桓修棺殮，埋葬城外。召東莞人劉穆之爲府主簿，穆之直任不辭。徐州司馬刁弘，得知丹徒有變，方率文武佐吏，來探虛實。裕登城與語道：“郭江州指前刺史郭昶之。已奉乘輿，反正尋陽，我等並奉密詔，誅除逆黨，今日賊玄首級，已當梟示大衆，諸君皆大晉臣子，來此何干”弘等聞言，信以爲真，當即退去。適值孟昶劉毅劉道規，誘殺桓弘，收衆渡江，來會劉裕。裕令劉毅追襲刁弘，殺死了事。
青徐兗三州已經略定，只有建康及豫州二路，尚未發作。裕令毅作書報告乃兄，乃兄就是劉邁，得了毅書，躊躇未決。致書人周安穆，見邁懷疑，恐謀泄罹禍，匆匆告歸。邁正受玄命爲竟陵太守，意欲夤夜出行，冀得避難，忽由桓玄與書，謂：“北府人情云何卿近見劉裕，彼作何詞”邁閱書後，還道玄已察裕謀，竟默然待旦，自行出首。玄頓覺大驚，面封邁爲重安侯，立飭衛兵出宮，收捕王元德辛扈興童厚之等，駢戮市曹。已而有人向玄譖邁，謂邁縱歸周安穆，不免同謀。玄遂收邁下獄，亦處死刑。邁亦該死。