桓玄聞二將戰死，越覺驚心，忙召諸術士推算吉凶，併爲厭勝詛咒諸術，並問及羣臣道：“朕難道就此敗亡麼”羣臣皆不敢發言。獨吏部郎曹靖之抗聲道：“民怨神怒，臣實寒心。”玄瞿然道：“民或生怨，神有何怒”靖之道：“晉氏宗廟，飄泊江濱，大楚祭不及祖，怎得不怒”玄又道：“卿何不先諫”靖之道：“輦下君子，統說是時逢堯舜，臣何敢多言。”玄無詞可答，只長嘆了好幾聲。威風掃盡。尋使桓謙出屯東陵，卞範之出屯覆舟山西，共合二萬人。裕至覆舟山東，使軍士飽餐，棄去餘糧，期在必死，先令老弱殘兵，登高張旗，作爲疑兵，然後與劉毅等分作數隊，突進謙陣。毅與裕俱身先士卒，拚死直前，將士亦踊躍隨上，喊聲動地。適有大風從東北吹來，裕軍正在上風，便放起一把火來，火隨風勢，風助火威，燒得桓謙部下，都變了焦頭爛額的活鬼，那裏還敢戀戰，紛紛大潰。謙與範之，也一溜煙似的跑去，苟延生命。
玄因兩軍交戰，時遣偵騎探報，偵騎見了疑兵，即返報裕軍四塞，不知多少。玄亟遣武衛將軍庾賾之，帶領精兵，往援謙軍，暗中卻使領軍將軍殷仲文，至石頭城預備船隻，以便逃走。忽有探馬踉蹌入報，說是桓謙卞範之兩軍，俱已敗潰。玄忙集親信數千人，倉皇出奔，口中還聲言赴戰，挈同子昇及兄子濬，出南掖門。適遇前相國參軍胡藩，叩馬諫阻道：“今羽林射手，尚有八百，非親即故，彼受陛下累世厚恩，應肯效力，乃不驅令一戰，偏舍此他去，究竟何處可以安身”玄不
惟建康城內，已無主子，司徒王謐等，當然背玄，迎裕入都。王仲德抱元德子方回，出城候裕。裕接見後，便將方回抱入懷中，與仲德對哭一場，面授仲德爲中兵參軍，追贈元德爲給事中，然後將方回繳還仲德，引兵馳入都中。越日，移屯石頭城，設立留臺，令百官照常辦事，取出桓溫神主，至宣陽門外毀去，另造晉室新主，奉入太廟。又派劉毅等追玄，所有桓氏族黨，留居建康，盡行捕誅。再使部將臧熹入宮檢收圖書器物，封閉府庫，熹一一斂貯，毫無所私。裕乃倡言迎駕，使尚書王嘏，率百官往尋陽，迎還安帝。嘏與百官奉令去訖，惟王謐居守留臺，推裕領揚州軍事。裕一再固辭，讓謐爲揚州刺史，仍領司徒，兼官侍中，錄尚書事。謐復推裕都督揚徐兗豫青冀幽並八州，領徐州刺史，裕即受任不辭。辭揚州而不辭八州，其意可知。當下令毅爲青州刺史，何無忌爲琅琊內史，孟昶爲丹陽尹，劉道規爲義昌太守。凡軍國處置，俱委任劉穆之，倉猝辦定，無不就緒，朝野翕然。只諸葛長民前與裕約，謀據歷陽，事尚未發，爲刺史刁逵所聞，將他拘住，檻送建康。行亞當利，聞得桓玄出走，建康已屬劉裕，解差樂得用情，破檻放出長民，還趨歷陽。歷陽兵民，乘機反正，逐去刺史刁逵，逵棄城出走，正與長民相值，再經城中兵士追來，無從逃避，只好下馬受縛，由他解送石頭，一刀處死。子侄等亦皆駢戮，惟季弟給事中刁聘，幸得赦免。裕令魏詠之爲豫州刺史，鎮守歷陽，諸葛長民爲宣城內史。先是裕少年微賤，輕狡無行，名流多不與往來，惟王謐素來重裕，嘗語裕道：“卿當爲一代英雄。”裕亦因此自負。會與刁逵賭博，輸資不償，逵縛諸樹上，責令還值，嗣由謐代爲償還，方得釋裕。裕感謐愈深，恨逵亦愈甚，至是酬恩報怨，才得伸志。惟桓玄篡位時，謐實助玄爲虐，手解安帝璽綬，獻與桓玄。見前回。時論皆不直王謐，謂宜聲罪伏誅，獨裕力爲保全，謐才得無恙。因私廢公，終屬非是。
桓玄奔至尋陽，將要息肩，聞得劉毅等又復追來，他急脅迫安帝兄弟，及何王二後，乘舟西行。安帝被徙尋陽，事見上文。留龍驤將軍何澹之，與前將軍郭銓，刺史郭昶之等，堵仗湓口。劉毅等不能前進，尚書王嘏等，無從迎駕，只好還報劉裕。裕乃託稱受帝密詔，迎武陵王司馬遵爲大將軍，暫居東宮，承製行事。遵父名晞，就是元帝第四子，受封武陵，由遵襲爵，留官建康，任中領軍。桓玄篡位，降遵爲彭澤侯，勒令就鎮。遵甫出石頭，裕軍已至，乃退還就第，此時總攝百揆，稱制大赦，惟桓玄一族，不在赦例。可巧劉敬宣司馬休之，自南燕奔歸，遂令休之領荊州刺史，監督荊益梁寧秦雍六州軍事，敬宣爲晉陵太守。他兩人奔往南燕時，曾與劉軌高雅之同行，見前回。後欲密圖南燕王慕容備德，事泄南奔，軌與雅之被南燕兵追斬，獨休之敬宣得脫，還爲晉臣。休之奉命赴鎮，但此時的荊州，尚爲桓石康所據，怎肯讓與休之，再加桓玄自尋陽奔赴，當然迎納桓玄，與晉反抗。玄仍稱楚帝，即以江陵爲楚都，眼見得桓玄雖敗，還有一片尾聲。小子有詩詠道：
石頭城內慶安全，半壁江山得少延。
只有荊襄還未靖，尚勞兵甲掃殘煙。
欲知江陵如何攻克，待至下回再表。
劉裕起兵討玄，主謀者實爲孟昶，昶之慫恿劉裕，爲私怨而發，非真知有公義也。觀其對妻之言，全爲劉邁一人，而周氏獨能傾囊相助。且謂義無歸志，彼知從夫之義，寧不能知報國之忠，其所由慨然給資者，正欲昶之乘間除逆耳。周氏誠賢矣哉本回特舉以標目。所以揚巾幗，愧鬚眉也。何無忌母，爲弟復仇，猶其次焉者耳。劉裕一舉，桓氏瓦解，師直爲壯，曲爲老，復得裕以統率之，何患不成玄之懼裕，譬諸賊膽心虛，不寒自慄耳。然裕誅刁逵而不誅王謐，裕已第知有私，不知有晉矣，寧待篡位而始見裕之心哉