那兗州刺史劉遐，臨淮太守蘇峻，已各率精兵萬人，同來勤王。明帝連夜召見，慰勞有加，並出庫帛分賜將士，衆皆踊躍。沈充錢鳳，欲因北軍初到，迎頭進擊，乃自竹格渚渡淮，直前攻撲。護軍將軍應詹，建威將軍趙胤等，拒戰失利，退至宣陽門。充與鳳乘勝進逼，拔柵將戰，不意劉遐蘇峻，從東塘橫擊過來，把充鳳兩軍沖斷，再加應詹趙胤，也來助戰，殺得充鳳大敗虧輸，奪路飛奔，還逾淮水，人不及濟，後面追兵大至。叛衆紛紛投水，溺斃至三千人。劉遐尾追不捨，行至青溪，又奮擊沈充一陣，充狼狽走脫。
尋陽太守周光，系周撫弟，因王敦舉兵，也率數千人助敦。既至姑孰，與王應相見，便欲入省敦疾。應囁嚅道：“我父病中，不願見客，且待異日進見罷”光退語道：“我遠道來赴，不得一見王公，想必是已死了。”遂急赴軍前，去探乃兄。撫聞光至，當然出見，光開口便語道：“王公已死，兄何故與錢鳳作賊”大衆聞言，都不勝驚愕，連周撫亦有悔心，即夕遁還。王含勢孤失援，也毀營夜遁。
明帝本已出屯南皇堂，聞叛黨盡走，乃還宮大赦，惟敦黨不在赦例。申命庾亮督同蘇峻等軍，往追沈充。溫嶠督同劉遐等，往追王含錢鳳。含奔回姑孰，擬挈王應同奔荊州。應謂不如投依江州。含皺眉道：“大將軍生前，與江州屢有齟齬，奈何往依”應答道：“正爲江州平日異趨，所以宜往。彼時大將軍兵馬強盛，江州尚不肯阿附，識見高出常人，今見我困阨，必然相憐，不致加害。若荊州守文拘謹，怎能意外行事呢”王應雖少智過乃父，但天道惡淫，豈容豎子漏網含不肯依言，竟與應載一扁舟，往奔荊州。荊州刺史王舒，遣兵出迎。俟含父子入城
晉廷因叛黨悉平，當然解嚴。有司發掘王敦屍首，焚去衣冠，扶屍跪着，梟去首級，與沈充首同懸高橋。郗鑑入奏明帝道：“前朝誅楊駿等人，皆先加官刑，後聽私殯。臣以爲逆敦既伏王誅，不妨使全私義，可聽敦家收葬，借示皇恩。”明帝準如所請，乃將敦首取下，聽令葬埋。敦黨周撫鄧嶽，相偕出亡。撫弟光擬給兄路資，陰圖執嶽。撫怒道：“我與鄧伯山同亡，如欲害鄧，寧先殺我。”伯山即嶽表字，俄而嶽至，撫即趨出，遙與嶽語道：“快去快去我弟尚不相容，何論他人。”嶽回身返走。撫亦取得資斧，追及鄧嶽，同竄入西陽蠻中。後來再經大赦，才得東還。
明帝加封王導爲始興公，溫嶠爲建寧公，卞壷爲建興公，庾亮爲永昌公，劉遐爲泉陵公，蘇峻爲邵陵公，郗鑑爲高平侯，應詹爲觀陽侯，卞敦爲益陽侯，趙胤爲湘南侯，下此按功晉秩，不勝殫述。有司奏稱王彬等爲敦親族，均應除名，復詔謂：“司徒導大義滅親，應宥及百世，況彬等皆司徒近支，毋庸再問。”大義滅親四字，恐導不足當此。惟王敦綱紀，悉令除籍，參佐並皆禁錮。溫嶠又上疏解免道：
王敦剛愎不仁，忍行殺戮，親任小人，疏遠君子，朝廷所不能制，骨肉所不能阻，處其朝者，恆懼危亡，故士人結舌，道路以目，誠賢人君子，道窮數盡，遵養時晦之辰也。且敦爲大逆之日，拘錄人士，自免無路，原其私心，豈遑宴處如陸玩、羊曼、劉胤、蔡謨、郭璞，常與臣言，備知之矣。必其贊導兇悖，自當正以典刑，如其枉陷奸黨，還宜施之以寬。臣以玩等之誠，聞於聖聽，當受同賊之責，苟默而不言，實負其心。陛下仁聖含弘，思求允中，臣階緣博納，於非其事，誠在愛才，不忘忠益，謹昧死上聞
明帝覽疏，頗加感動，特下羣臣議決。郗鑑謂：“君臣有義，義在死節，不應偷生。王敦佐吏，雖多被脅，但進不能諫止逆謀，退不能脫身遠引，有虧臣道，宜加義責。”此外或從嶠議，或如鑑言，論久未決。還是明帝有意行仁，終從嶠請，於是敦黨皆免連坐。張茂妻陸氏，詣闕上書，語多哀痛，表面上是爲茂謝罪，說他不能克敵，自致陣亡，實際上是爲茂請封，無非說是“略跡原心，應待恩恤”等語。明帝乃贈茂太僕，且撥庫帑，憮恤遺孥。陸氏始謝恩歸家。也算一個奇婦人。即而再敘前勳，命王導爲太保，兼領司徒，西陽王羕領太尉，應詹爲江州刺史，劉遐爲徐州刺史，蘇峻爲歷陽內史，庾亮加護軍將軍，溫嶠加前將軍，惟導固辭不受。江州本由王彬鎮守，驟遭易任，吏民未安。嗣經詹加意懷柔，才得翕服。